¿Cómo ejecutar un solo comando en varios archivos para convertir el formato de archivo?

Question

Estoy intentando convertir el formato de archivo fapara fqusarlo seqkiten una terminal Linux. El comando es simple como se muestra a continuación.

seqkit fq2fa Std_metabat2_bin.9_sub.fa -o Std_metabat2_bin.9_sub.fq -j 20 

Pero tengo más de 200 archivos ( faarchivos de contenedores de metagenomas) y me pregunto si hay una mejor manera que convertir un archivo a la vez.

Answer 1

Una solución es utilizar un forbucle para convertir todos los .faarchivos del directorio:

for file in *.fa; do seqkit fq2fa "$file" -o $(basename "$file" .fa).fq -j 20; done