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Agregar el nombre del directorio al contenido del directorio tar.gz en el shell

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Agregar el nombre del directorio al contenido del directorio tar.gz en el shell

Tengo un directorio de directorios comprimidos, como este:

MainDirectory/FolderA.tar.gz
MainDirectory/FolderB.tar.gz

Dentro de cada directorio, algunos de los archivos tienen el mismo nombre. Ex.

MainDirectory/FolderA.tar.gz/file1.fasta
MainDirectory/FolderA.tar.gz/file2.fasta
MainDirectory/FolderB.tar.gz/file1.fasta
MainDirectory/FolderB.tar.gz/file1.fasta

Necesito descomprimir cada directorio, cambiar el nombre de cada archivo con el nombre del directorio y luego volver a comprimir los archivos individuales. Mi resultado deseado es:

MainDirectory/FolderA_file1.fasta.bz2
MainDirectory/FolderA_file2.fasta.bz2
MainDirectory/FolderB_file1.fasta.bz2
MainDirectory/FolderB_file1.fasta.bz2

Se me ocurrió este código, pero cambia el nombre de los archivos para que tengan un $f literal en:

cd MainDirectory/
for f in *.tar.gz
    do
    tar -xvzf $f --transform 's,^,${f},' 
    pbzip2 *.fastq 
    done

Producción:

MainDirectory/'${f}file1.fastq.bz2'
MainDirectory/'${f}file2.fastq.bz2'

¿Podría ayudarme a convertir el comando para que anteponga los archivos con el nombre de la carpeta real? Gracias.

Respuesta1

Con la implementación GNU de tar( --transformde todos modos, también es una extensión GNU), podrías hacer:

cd MainDirectory &&
  for f in *.tar.gz; do
    PREFIX=${f%.tar.gz} tar -xvvzf "$f" --to-command='
      pbzip2 > "${PREFIX}_$TAR_FILENAME.bz2"'
  done

Respuesta2

Haciendo la extracción y recompresión en dos pasos:

cd MainDirectory && for f in *.tar.gz; do
  tar --transform="s,^,${f%.tar.gz}_," --show-transformed-names -xvzf "$f"
done && pbzip2 *.fasta

Opción --show-transformed-namesy -vsolo se utilizan para mostrar los nombres de archivos transformados.

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