Pude hacer que GNU Screen comenzara a contar ventanas con el número 1 en lugar del 0 predeterminado con este código en mi .screenrc:
# Get rid of screen 0
bind c screen 1
bind ^c screen 1
bind 0 select 10
Cuando creé ventanas en .screenrc, lo usé screen 1para que primero probara 1 y luego contara si se tomaba ese número de ventana.
Respuesta1
La solución es modificar ~/.tmux.confa:
# Start windows and panes at 1, not 0
set -g base-index 1
setw -g pane-base-index 1
Editar: a diferencia de base-index, pane-base-index es una opción de ventana, por lo que se debe usar setw, como señaló @Jogusa.