Me gustaría utilizar el paquete de glosarios con la opción counter=section. Esto funciona bien siempre y cuando no utilice ninguna entrada del glosario en el apéndice. Parece que el comando reinicia el contador de secciones \appendix. Resulta que la sección A.1 se llama 1.1, la B.1 se llama 2.1 y así sucesivamente.
Estoy usando el script makeglossaries y un ejemplo mínimo es:
\documentclass{report}
\usepackage[counter=section]{glossaries}
\makeglossaries
\newglossaryentry{gte}{name=GTE,description={Glossary Test Entry}}
\begin{document}
\chapter{Normal chapter}
\section{Normal section}
This is section 1.1 without a glossary entry.
\chapter{Normal chapter}
\section{Normal section}
A \gls{gte} in section 2.1.
\appendix
\chapter{Appendix chapter}
\section{Appendix section}
A \gls{gte} in appendix A.1.
\printglossary
The glossary indicates appearance in 1.1 and 2.1 instead of 2.1 and A.1.
\end{document}
Respuesta1
Actualice a glossariesla versión 3.05 (una vez que haya pasado por los espejos de CTAN).