Completamente por casualidad descubrí que Texshop te permitirá codificar la codificación de tu archivo fuente en un comentario, anulando la codificación de entrada predeterminada del editor. Por ejemplo:
% !TEX encoding = latin1
Ya conocía el rootcomando ( % !TEX root = ...), que establece el documento principal para proyectos de varios archivos. Poco a poco también descubrí la función de "etiqueta" personalizada: si agrega una línea como
%: tag name
en la fuente, Texshop incluirá tag nameen el menú "Etiquetas" (disponible en la parte superior del documento, no en la barra de menú), lo que le permitirá saltar fácilmente a la ubicación.
¿Qué otros comandos similares están disponibles? El documento "Consejos y trucos" (disponible a través del menú de ayuda de Texshop) menciona algunos más de pasada, pero está claramente incompleto ya que encodingno se menciona.