PDF de árbol de páginas no válido

PDF de árbol de páginas no válido

Tengo un documento LaTeX (scripts de Python, obtención de datos de diferentes fuentes) generado que luego se compila en un pdf con pdfLaTeX.

Generalmente la estructura del documento es la siguiente

\documentclass[a4paper]{article}
\usepackage{color}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{array}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{times}
\usepackage{natbib}
\usepackage{longtable}
\usepackage[table]{xcolor}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{fancybox}
\usepackage[
  pdftex,
  a4paper,
  colorlinks=false,
  urlcolor=red,
  linkcolor=blue,
  bookmarks=true,
  bookmarksopen=true,
  bookmarksopenlevel=2,
  bookmarksnumbered=false,
  pdfpagemode=UseOutlines
]{hyperref}
% imported from stylesheet

\begin{document}
...

\tableofcontents
...
\section{Section A}
\subsection{Subsection 1}
Generated Text
Generated Plots ...

\includegraphics[width=1.0\textwidth]{...}
\begin{minipage}[c]{0.30\textwidth}
...
\end{minipage}

\end{document}

Hasta hace poco, los hipervínculos dentro del documento funcionaban bien. Ahora están visibles (cuadros rojos en Acrobat Reader) en el pdf pero hacer clic en ellos no tiene ningún efecto (no salta a la sección correcta).

Lo probé con diferentes visores de PDF y sistemas operativos.

Interesante es que evince tiene la salida de consola.

$ evince test.pdf 
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
Error: Invalid page tree
...
failed to look up section.1
failed to look up subsection.1.1
failed to look up subsection.1.2
failed to look up section.2
...

Los \hyperrefcorreos electrónicos de fuentes externas (URL) todavía funcionan.

¿Cómo se depuran generalmente cosas como esa? ¿Problema de pdfLaTeX? ¿Problema de látex?

Editar:

Gracias por los comentarios. En un intento de proporcionar un ejemplo mínimo encontré la línea que lo separa:

 \let\thefootnote\relax\footnotetext{ Some text \href{http://url.com}{Link}}

Con esta línea en el archivo .tex, el enlace externo funciona, pero las hiperreferencias en el índice están rotas (como se describe anteriormente). Sin esta línea, los enlaces del toc están bien.

Editar2:

\footnotetext{ Some text \href{http://url.com}{Link}}

funciona para mi. Sin embargo, la pequeña 1nota a pie de página debería ocultarse. Supongo que eso es todo.

Otra solución parece tener el mismo efecto (es decir, también rompe los hipervínculos):

\makeatletter{\renewcommand*{\@makefnmark}{}\footnotetext{For further explanation refer to \href{http://www.google.com}{Link Text}}\makeatother}

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