Estoy usando el paquete texshade y me encontré con un problema con el que esperaba que alguien pudiera ayudarme.
Estoy usando el modo de sombreado diverso para comparar secuencias de anticuerpos mutados con su precursor de la línea germinal no mutado. Hay una inserción en las secuencias de anticuerpos en relación con la línea germinal. Si represento la inserción como "-", hace que la regla pierda una posición de numeración en ese punto. ¿Alguien sabe alguna forma de corregir esto?
Gracias de antemano por tu ayuda.
Código de Texas:
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{texshade}
\headheight=0pt
\headsep=0pt
\hoffset=0pt
\voffset=0pt
\paperwidth=8.27in
\paperheight=11.69in
\ifx\pdfoutput\undefined
\relax
\else
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
\fi
\oddsidemargin=-0.25in
\topmargin=0.3in
\textwidth=7in
\textheight=11.62in
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\newline
\begin{texshade}{aligned.heavy.fasta}
\setsize{features}{footnotesize}
\shadingmode{diverse}
\hidenumbering
\showruler{1}{top}
\setsize{ruler}{scriptsize}
\rulersteps{1}
\shownames{left}
\end{texshade}
\end{document}
Y el archivo alineado.heavy.fasta:
>germline_comparator
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE-EEEEEEEEEEEEEEE
>seq1
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq2
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq3
EEEEQEEEEEEEEEEEEFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
Respuesta1
Puedes agregar una secuencia ficticia en la segunda línea sin espacios:
>Dummy
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
Y luego usa los comandos:
\showruler{2}{top}
\hideseq{2}
para usarlo para la numeración y evitar que se muestre. Esto arreglará la numeración.