Para las imágenes encontré la solución proporcionada en estas preguntas y respuestas (¿Cómo recortar el fondo de la imagen automáticamente?) muy útil y fácil de usar. Ahora también quiero usar esto para mis gráficos exportados de Matlab en formato eps. ¿Como se puede hacer esto? El código para recortar imágenes automáticamente se ve así (copiado del enlace de arriba):
\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\section*{Original image}
\fbox{\includegraphics[width=\linewidth]{image.png}}
\section*{Trimmed and clipped image}
\fbox{\includegraphics[width=\linewidth,trim=6.5cm 6cm 6.5cm 4cm,clip]{image.png}}
\section*{Automatic crop}
Note: compile with \verb|--shell-escape|\\
\newcommand\cropped[1]{%
\immediate\write18{convert -trim #1.png #1cropped.png}%
\includegraphics[width=\linewidth]{#1cropped.png}}
\fbox{\cropped{image}}
\end{document}