Cómo fusionar dos archivos tex para que cada uno tenga sus propias referencias

Question

Mi artículo tiene un archivo complementario y quiero enviarlo en arXiv. Primero intenté convertirlos a PDF y fusionarlos usando el software de Adobe. Sin embargo, arXiv exige que envíe el código fuente real. Volviendo al tema, si simplemente uso

...
\bibliographystyle{ieeetr}
{ \scriptsize
\bibliography{refs} 
}

\newpage
\input{SuppMaterial} 

No obtengo lo que quiero, me refiero a que el bloque de referencias se repite, dado que mi SuppMaterial también tiene referencias, también obtengo la referencia completa al final del SuppMaterial.
¿Cómo puedo fusionar estos dos para que cada archivo tenga su propio bloque de referencias? (El primer archivo comienza y termina con sus referencias, luego el segundo comienza y termina con sus propias referencias)

Para ser más precisos, aquí hay un ejemplo de cómo se ven estos dos archivos: main.texse parece a esto:

\documentclass[journal]{IEEEtran}
\usepackage{subcaption}     % for subfigures
\usepackage[utf8]{inputenc} % allow utf-8 input
\usepackage[T1]{fontenc}    % use 8-bit T1 fonts
\usepackage{hyperref}       % hyperlinks
\usepackage{url}            % simple URL typesetting
\usepackage{booktabs}       % professional-quality tables
\usepackage{amsfonts}       % blackboard math symbols
\usepackage{nicefrac}       % compact symbols for 1/2, etc.
\usepackage{microtype}      % microtypography
\usepackage{epsfig}
\usepackage{graphicx}
\hypersetup{colorlinks=true, linkcolor=red}

\usepackage{algorithm}
\usepackage{algorithmic}
\usepackage{tikz}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{sci}
\usepackage{xfrac}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{pgfplotstable}
\usepackage{filecontents,pgfplots}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,calc,shapes,snakes,positioning,matrix,arrows,decorations.pathmorphing,decorations.text}
\usepackage[sort&compress,square,comma,numbers]{natbib}
\makeatletter
\renewcommand\bibsection%
{
  \section*{\refname
    \@mkboth{\MakeUppercase{\refname}}{\MakeUppercase{\refname}}}
}
\makeatother

% correct bad hyphenation here
\hyphenation{op-tical net-works semi-conduc-tor}


\begin{document}

%
% paper title

\title{Title}
%

%\author{XXX, YYY,ZZZ%,~\IEEEmembership{Member,~IEEE,}% <-this % stops a space
}


% use for special paper notices
%\IEEEspecialpapernotice{(Invited Paper)}




% make the title area
\maketitle


\begin{abstract}
Here is the abstract
\end{abstract}

% Note that keywords are not normally used for peerreview papers.
\begin{IEEEkeywords}
Deep Learning, Convolutional Neural Networks (CNNS), Efficiency. 
\end{IEEEkeywords}

\section{Introduction}

...

\bibliographystyle{ieeetr}
{ \scriptsize
\bibliography{refs} 
}
\end{document}

supp.texse parece a esto:

\documentclass[journal]{IEEEtran}

\usepackage{subcaption}     % for subfigures
\usepackage[utf8]{inputenc} % allow utf-8 input
\usepackage[T1]{fontenc}    % use 8-bit T1 fonts
\usepackage{hyperref}       % hyperlinks
\usepackage{url}            % simple URL typesetting
\usepackage{booktabs}       % professional-quality tables
\usepackage{amsfonts}       % blackboard math symbols
\usepackage{nicefrac}       % compact symbols for 1/2, etc.
\usepackage{microtype}      % microtypography
\usepackage{epsfig}
\usepackage{graphicx}
\hypersetup{colorlinks=true, linkcolor=red}

\usepackage{tabulary}

\usepackage{algorithm}
\usepackage{algorithmic}
\usepackage{tikz}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{sci}
\usepackage{xfrac}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{pgfplotstable}
\usepackage{filecontents,pgfplots}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,calc,shapes,snakes,positioning,matrix,arrows,decorations.pathmorphing,decorations.text}

% To number supplemental material with 'S': 
\renewcommand{\thepage}{S\arabic{page}}  
\renewcommand{\thesection}{S\arabic{section}}   
\renewcommand{\thetable}{S\arabic{table}}   
\renewcommand{\thefigure}{S\arabic{figure}}


\begin{document}

\title{Title}

%\author{X, Y, Z,%,~\IEEEmembership{Member,~IEEE,}% <-this % stops a space


\maketitle

% \begin{abstract}
% \end{abstract}


\section{Discussions}

\subsection{Subject 1}

...

\ifCLASSOPTIONcaptionsoff
  \newpage
\fi


\bibliographystyle{ieeetr}
{ \scriptsize
\bibliography{refs} 
}
% \begin{thebibliography}{10}

% \end{thebibliography}

\end{document}

y el ref.bib que utilizan ambos se ve así:

@inproceedings{AlexKrizhevsky_imgnet_2012,
   author = {Alex, Krizhevsky and Sutskever, Ilya and Geoffrey, E. Hinton},
   title = {ImageNet Classification with Deep Convolutional Neural Networks},
   pages = {1097--1105},
   booktitle = {NIPS},
   year = {2012},
}

@inproceedings{Ba_DoDeepNets_nd_B_Deep_2014,
   author = {Ba, Jimmy and Caruana, Rich},
   title = {Do deep nets really need to be deep?},
   booktitle = {NIPS},
   pages = {2654-2662},
   type = {Conference Proceedings}
}

@inproceedings{Bucilua_Model_compression_2006,
   author = {Buciluǎ, Cristian and Caruana, Rich and Niculescu-Mizil, Alexandru},
   title = {Model compression},
   booktitle = {SIGKDD},
   publisher = {ACM},
   pages = {535-541},
   ISBN = {1595933395},
   type = {Conference Proceedings}
}