Mi MWE
$ cat test1.tex
\documentclass{article}
%usepackage{savetrees}
\begin{document}
\begin{verbatim}
for i in range(3):
for j in range(3):
for k in range (3):
plot(i,j,k) # aaaaaaaaaaaaaaa
plot(j,k,i) # b
\end{verbatim}
\end{document}
$ diff test1.tex test2.tex
2c2
< %usepackage{savetrees}
---
> \usepackage{savetrees}
$
Correr pdflatex test1
produce
mientras pdflatex test2
produce
Parece que los espacios no tienen el mismo ancho que los caracteres de ancho fijo...
¿Es posible solucionar este problema?