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Partes de la imagen PDF de ggplot desaparecen

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Partes de la imagen PDF de ggplot desaparecen

Estoy usando la tufte-bookclase de documento y la plantilla. He estado exportando ggplot2imágenes a formato PDF y luego incluyéndolas en figureentornos LaTeX.

Todo iba bien, hasta que un día algunos de los puntos en los gráficos simplemente... desaparecieron. Habían estado allí en versiones anteriores del documento. Específicamente forma de punto 16 pulgadasggplot2(la forma predeterminada para geom_point) ya no aparece. Otras formas aparecen bien. Intenté reinstalarggplot2, intenté deshacerme de tufte-book(como en el reprex), sin dados. También intenté construir con xelatex y pdflatex. Esto es aún más confuso porqueusadofuncionar bien y no se me ocurre qué podría haber cambiado. Se agradecería cualquier consejo.

Como referencia, aquí está el realggplot2-PDF generado que estoy incluyendo:

Imagen real

y así es como aparece en mi documento LaTeX (en la versión tufte-latex, aunque el problema también aparece en la versión documentclass{article} en reprex):

Imagen en LaTeX

Aquí está el código. No creo que esté haciendo nada inusual aquí:

Para generar el gráfico:

library(tidyverse)

# Police and crime
library(wooldridge)
data(crime4)

ggplot(crime4, aes(x = polpc, y = crmrte)) + 
  geom_point() + 
  theme_minimal() + 
  scale_x_log10() + 
  scale_y_log10() + 
  labs(x = "Police per Capita (log scale)",
       y = "Crime Rate (log scale)")
ggsave('crime1.pdf', width = 6, height = 5)

Y el propio documento LaTeX

\documentclass{article}

\usepackage{graphicx}

\begin{document}

\begin{figure}[h!]
    \caption{Police Presence and Crime Rate by County, North Carolina 1981-1987}
    \label{fig:causaldiagrams-crime1}
    \includegraphics{"crime1.pdf"}
\end{figure}

\end{document}

Respuesta1

Lo siento, no puedo comentar, así que tengo que responder: ¿Faltan los puntos en la vista previa dentro de tu editor LaTex o también en el documento compilado cuando lo abres desde otro visor de pdf? Tuve el mismo problema y solo faltaban puntos en el visor de PDF integrado de TeXmaker, pero no en otros programas... En mi caso, todos los puntos redondos (pch en {16, 19, 20, 21}) producidos en R faltaban, pero parece que solo fueun problema del visor de pdf(es decir, los símbolos que comprende). Intente abrir el documento completo que ha compilado con el mismo visor de PDF que mostró correctamente el PDF de su trama. Si funciona fue el visor de pdf todo el tiempo.

Además, tenga en cuenta que el "mismo" visor de PDF puede comportarse de manera diferente según su sistema operativo. Primero pensé que era el sistema operativo, ya que TeXmaker mostraba los puntos en Linux pero no en Windows. Entonces hice "lo mismo" dos veces con resultados diferentes.

Supongo que es como si Marijin notara una pregunta sobre el símbolo del círculo usado por R que no se muestra correctamente. Puedes usar el cairo_pdfdispositivo sugerido en lugar de pdf o usar otro símbolo en lugar de un círculo. También puedes experimentar con

geom_text(label = "\u2022", size = 10)

(puede requerir el paquete Unicode(?)). Al trazar texto en lugar de puntos, puede probar diferentes símbolos o familias de caracteres.

Actualización: También descubrí que establecer la opacidad de los puntos en un valor diferente de 1 (por ejemplo, en ggplot simplemente set alpha=0.99) evitará que R use el carácter "problemático" ZapfDingbats. Puede que valga la pena intentarlo, parece funcionar para mí.

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