
Parece que tener una tabla larga en la misma página que un flotante que se ha movido allí hace que el cálculo de la longitud se reduzca para que el texto cubra el pie de página. MWE:
\documentclass{scrartcl}
\usepackage{mwe} % For dummy figures
\usepackage{lipsum} % For dummy text
\usepackage{graphicx}
\usepackage{scrlayer-scrpage}
\usepackage{longtable}
\usepackage{xcolor} % To visualize footer better
% Set up footer
\pagestyle{scrheadings}
\ifoot{\color{red}aaa}
\ofoot{\color{red}bbb}
\begin{document}
\section{A}
\lipsum[1-3]
\begin{figure} % Figure that will float to next page
\centering
\includegraphics[scale=1]{example-image-b}
\caption{Figure caption}
\end{figure}
\section{B}
\lipsum[1-2]
\begin{longtable}{|c|}
\hline
Table\\
\hline
\end{longtable}
\section{B}
\lipsum[1-3]
\end{document}
Tenga en cuenta el texto del pie de página en rojo (para mayor claridad). Lo mismo ocurre tanto con el látex como con el pdflatex. No es necesario definir su propio pie de página, pero así queda más claro. Sobrescribirá el número de página si no se define un pie de página especial.
¿Alguna idea de cómo manejar esto?