
Respuesta1
La IEEEtran
clase de documento emplea Times Roman como fuente de texto predeterminada y Computer Modern como fuente matemática predeterminada. Ahora bien, Times Roman y Computer Modern no combinan tan bien, visualmente hablando.
newtxmath
Como ya sugirió @JasperHabicht, también debería considerar cargar un paquete que use Times Roman para material en modo matemático.
\documentclass[lettersize,journal]{IEEEtran}
\usepackage{newtxtext,newtxmath}
\begin{document}
123456789 text mode
$123456789$ math mode
\end{document}