conversión múltiple de bam a cama usando herramientas de cama

Question

Tengo diez archivos .bam (formato bioinformático) y me gustaría convertirlos en 10 archivos .bed, pero para esta conversión necesito usar un comando especial

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

Su pregunta no es muy clara, pero tal vez este comando de shell ayude.

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

puedes hacer algo como:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam