Quiero que un único vhost específico en mi configuración de Apache anule auto_prependla directiva de configuración de PHP e incluya siempre un archivo PHP, sin que otros sitios lo incluyan.
Una opción es usar SetEnven Apache y getenven PHP con auto_prependset en php.ini
Respuesta1
No probado, pero intentaría agregar
php_value auto_prepend_file /your/path/here.php
a su configuración de vhost. De acuerdo con ladocumentos PHP, este método sólo funciona si PHP se ejecuta como Apachemódulo.