Mi clúster ejecuta la versión de Sun's Grid Engine "GE 6.2u5 $ Fecha: 2009/12/01 12:24:06 $". Me gustaría enviar un solo trabajo a la cola que está definida por un script bash que contiene varios comandos. La mayoría de los comandos de este script solo pueden utilizar 1 CPU. Sin embargo, un solo comando puede utilizar N CPU. ¿Es posible solicitar de alguna manera más procesadores para este único comando en mi script?
Respuesta1
Asignar recursos dinámicamente como este es imposible con SGE. La forma correcta de manejar esta situación es dividir el script que define el trabajo en tres partes: A, B, C donde A=script con comandos que solo necesitan 1 CPU B=script con comandos que necesitan N CPU C=script con comandos que solo necesitan 1 UPC
Entonces, el truco consiste en enviar estos tres scripts como tres trabajos diferentes y los dos últimos dependen de que se completen los dos anteriores.