No se puede utilizar la seguridad integrada con la aplicación netcore en iis instalada como sitio web

Question

Tengo un pequeño proyecto de prueba en netcore (2.1.401) que devuelve el usuario que inició sesión a través de CNTLM. Lo implementé en un servidor IIS siguiendo [esta guía]. También agregué el sitio web al archivo de hosts.

Si lo implemento como una aplicación dentro del sitio web predeterminado, funciona bien. Pero cuando intento hacerlo como sitio web, con Anonymous authdeshabilitado y Windows authhabilitado, tengo que ingresar mis credenciales varias veces y finalmente aparece este error:

HTTP Error 401.1 - Unauthorized

You do not have permission to view this directory or page using the credentials that you supplied.

Detailed Error Information:
Module   WindowsAuthenticationModule 
Notification   AuthenticateRequest 
Handler   aspNetCore 
Error Code   0xc000006d 
Requested URL   http://iis.localhost.net:80/user 
Physical Path   C:\inetpub\wwwroot\iis\user 
Logon Method   Not yet determined 
Logon User   Not yet determined 

Intenté agregarme al archivo web.config, así:

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<configuration>
    <location path="." inheritInChildApplications="false">
        <system.webServer>
            <handlers>
                <add name="aspNetCore" path="*" verb="*" modules="AspNetCoreModule" resourceType="Unspecified" />
            </handlers>
            <aspNetCore processPath=".\iis.exe" stdoutLogEnabled="false" stdoutLogFile=".\logs\stdout" />
            <security>
                <authorization>
                    <allow users="mydomain\myuser" />
                    <deny users="*" />
                </authorization>
            </security>
        </system.webServer>
    </location>
</configuration>

Estoy usando Windows Server 2016 Datacenter, IIS 10.0.14393.0