Tengo esta regla de reescritura al principio del contexto del servidor. Mucho antes de cualquier vhost. Funciona como se esperaba, excepto cuando se ejecuta una determinada regla de reescritura en el contexto de vhost. Entonces se incumple esta regla.
No esperaba que ninguna regla de reescritura en un contexto de vhost tuviera un impacto en las reglas de reescritura en el contexto del servidor. Especialmente cuando las reglas de reescritura del contexto del servidor están mucho antes en la configuración.
# Remove Leading WWW and Retain http or https
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteRule ^ %{REQUEST_SCHEME}://%1%{REQUEST_URI} [R=301,L]
La regla en el contexto de vhost que impide que se ejecute la regla anterior es una reescritura para ejecutar un script de shell (cgi).
# Run Shell Script
RewriteCond %{REQUEST_URI} !${regex} [NC]
RewriteRule ^.* /cgi-bin/SCRIPT.sh?${QUERY_STRING} [PT,E=dontlog,L,END]
Existen otras reglas de reescritura en el contexto de vhost. Pero sólo éste parece impedir que se ejecute la regla de reescritura del contexto del servidor.