Los elementos del menú no aparecen en Videos (aplicación predeterminada que reproduce videos), Archivos y muchas otras aplicaciones. Esto sucedió después de reiniciar en 16.04 lts.
Cuando paso el mouse, solo muestra los botones minimizar/maximizar/cerrar.
PD. Debo aclarar: los menús están disponibles para algunas otras aplicaciones, como VLC, Chrome,...
En realidad, me parece que esto sólo afecta a las aplicaciones predeterminadas que se instalaron inicialmente y no a las que se agregaron más tarde (como vlc, chrome).
PD. Después de reiniciar, todo vuelve a la normalidad. :)