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eliminar de forma única líneas no deseadas en múltiples archivos

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eliminar de forma única líneas no deseadas en múltiples archivos

Necesito eliminar datos innecesarios de varios archivos de salida. Parte de cada archivo tiene este aspecto.

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:18697:4431_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.42e-137   1   271 53  323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.06e-87    1   197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found

Las primeras 4 líneas representan un resultado de salida.

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:7647:16266_2:N:0:215
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found

Necesito eliminar todos los resultados de salida con 0 resultados, es decir, las 4 líneas (que se muestran arriba)

He notado que con un resultado de: 1 resultados encontrados, se agregaron 2 líneas adicionales. La sexta línea no comienza con el símbolo "#". ¿Cómo puedo utilizar el

grep -B

comando para hacer esto? Mi resultado esperado es un archivo con solo el resultado "1 resultados encontrados". como a continuación

# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.42e-137   1   271 53  323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence  M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196   FJ712717_(modified) 1.06e-87    1   197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
JN673389_(modified) Trypanosoma congolense isolate TS07210 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196   JN673389_(modified) 2.04e-105   1   231 23  253
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
TCU22315_(modified) Trypanosoma congolense IL1180 18S, 5.8S, 28S-LS1, srRNA1, complete sequence, and 28S-LS2 ribosomal RNA, partial sequence    M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196   TCU22315_(modified) 1.40e-75    1   156 1176    1021

Respuesta1

Puede utilizar tacpara invertir las líneas del archivo y eliminar 3 líneas antes del patrón coincidente, incluida la línea que contiene el patrón coincidente sed, de esta manera:

tac filename | sed '/0 hits/I,+3 d' | tac

y si desea editar el archivo en el lugar, puede usar -ila opción en sedel comando como,

tac filename | sed -i '/0 hits/I,+3 d' filename | tac

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