cómo guardar una línea como un archivo con nombres de números de contador

Question

Tengo un archivo como este:

VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA
MKLELLLAFKYLIPKRKRLSSSIVSAFSMGIVALVVWLSVVFMSVIHGLQQRWVGDLASLHSSIRIEPSDKYYESYYYQIDSHAEASQYIYKTIGEKLLCEQTDPYDPDVDFLLPEAFPDPEFSDNGEMIDPVRTANERMLSLFSSRKGSFVEFEEGMGHVHMDRAFRGHKGEPRALSQYIAYSSDILYQQRMLPFEETDYSTEVLNRFNASSEGWLADFLVLQEKFRGMSVILPVVYRDQGYRVGDTASLSVFSVKKEGEVRFPLRVIGFYNPGVSPFGGKTIFIDKELAASIRSESEGLGMHNGWQVFLPSVQDIPVMKQSIQKIFKESEVSSYWEISSLYDYEFFKPILDQLQSDQVLFSIVSFIVLIVACSNIVTMSILLVNNKKKEIGILKAMGVSSSRLQLVFGLCGACSGLVGALLGSILAALTLKNLGILTHWLSKLQGREAFNPSFFGEQLPQDFHLPTVICLSLGALVLAAISGAIPAQHVARMQVSDILKSE
MVILVEAKHISKVIQQQDVCIPILKDVSFQLHAGEVVAITGASGSGKSSLLHLLGTLDQPSSGQILFFGKQVRREELPIFRNCRIGFIFQNFYLLEDDSVINNVLMPAQIARKDTGQKSKARERALALLESVGLVDRRDEKGSLLSGGEKQRVAIARALMNDPEIVLADEPSGNLDHRTADTIHELLLALAEKHRGVLIVTHDRELAEKCHREEILRDGTLMQRQ
LKDTVTPNYHPGMIRRFRPLTQTSTRSGYHKSE
LHVSCLEWLSMITFTRTPLRIAWARAKKNSGLKKIYIKTKILSVAWLIAFKIIFDAALGIKRWIGM
LADPVTTVWKSANIVFLCWRVLPLVRRKTTLEF
LARRRSGSFRGGRRSVFGSLVFSLGSGEHLLGDGY
VGARVRIDANRLSIPSMIVFIANNRRGLWVTIPF
VEEVGSGGLKRSLYFKEEEPCTLITLRSWLEKKET

Quiero que cada línea del archivo se guarde en su propio archivo cuyo nombre sea el número de línea del original ( ,,, 1etc. ). También necesito agregar una línea antes de cada secuencia que comience con a y luego el número de línea.23>

Entonces, 1.txtsería:

>1
VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV

y 2.texto:

>2
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI

etcétera. ¿Cómo puedo hacer esto?

Answer 1

Podrías usar awk:

awk '{print > NR".txt"}' file

NRes el número de línea actual en awk, por lo que el comando anterior imprimirá cada línea en un archivo cuyo nombre es el número de línea actual más .txt.

Si realmente quieres que las secuencias tengan un >prefijo, usa esto:

awk '{print ">"$0 > NR".txt"}' file

Y si desea el formato FASTA correcto (cada secuencia precedida por una línea que comienza con >y un nombre de secuencia), use esto:

awk '{printf ">%s\n%s\n",NR,$0 > NR".txt"}' file

Eso producirá archivos como:

$ cat 3.txt 
>3
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA