Cuando uso Numix ( apt install numix-gtk-theme; gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme "'Numix'"), obtengo barras de desplazamiento de estilo antiguo. Espero que haya alguna forma de forzar la habilitación de las barras de desplazamiento superpuestas incluso en algunas de las aplicaciones que no las admiten de forma predeterminada.
Si no existe una solución general, al menos centrémonos en Numix.