He configurado el tema Numix como mi tema GTK+ en Gnome Tweak Tool. Esto funciona para la mayoría de los programas, pero a los creados con KDE no les importa.
Así es como debería verse cada programa:
Así es como se ven los programas basados en KDE (probé Kmplot y Step):
No sé si este es el comportamiento esperado de los programas KDE o no, pero Kmplot usó el tema Numix GTK antes de cambiar a Ubuntu GNOME desde Plain Ubuntu (tanto 16.04LTS como yo también usé Gnome Shell con Plain Ubuntu).
¿Cómo puedo hacer que los programas de KDE utilicen el tema GTK+ especificado?