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No se puede instalar el paquete geojson para R

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No se puede instalar el paquete geojson para R

Tengo Ubuntu 16.04 y R 3.4.3. cuando corro

install.packages("geojson", dep=TRUE)

en R, aparece el siguiente error:

la dependencia 'protolite' no está disponible para el paquete 'geojson'

Por eso corro

install.packages("protolite", dep=TRUE)

a lo que me sale:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Sin embargo, al ejecutar protoc --versionen la terminal obtengo

libprotoc 2.6.1

Parece que tengo instalada la última versión. También intenté copiar protobuf.pcy /usr/lib/pkconfig/configurar PKG_CONFIG_PATHcon

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

sin éxito. No sé cómo comprobar si pkg-configestá en mi PATH, ni cómo seguir las instrucciones del último manual. En particular, no sé para qué directorios debería escribir INCLUDE_DIR=...y LIB_DIR=....

¿Cómo debo proceder?

Respuesta1

Puede instalar sus paquetes R con las siguientes acciones

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)

Respuesta2

Acabo de descubrir que mi /usr/bin/pkg-config(versión 0.29.1 incluida con Ubuntu 18.04) tiene muchos errores. No busca en los directorios mencionados en PKG_CONFIG_PATH (los directorios personalizados no se vieron en la depuración). Tuve que crear una versión más nueva (0.29.2) desde la fuente. Esto resolvió mi problema.

Espero que ayude a alguien

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