Respuesta1
Puedes usar wmctrl. Por ejemplo, para mover la ventana del administrador de actualizaciones a x=10, y=10 con ancho=400, alto=400:
wmctrl -r :SELECT: -e '0,10,10,400,400'
La opción -r :SELECT: significa que puede seleccionar la ventana que desea cambiar de tamaño/mover después de haber ingresado el comando.