Nautilus establece el directorio de trabajo

Nautilus establece el directorio de trabajo

Lo tengo de modo que cuando hago doble clic en un frasco, se abrirá el frasco con java. El problema es que, por alguna razón, nautilus usa mi directorio de inicio como directorio de trabajo actual, por lo que el jar no puede encontrar ninguno de sus recursos y termino teniendo que iniciarlo desde bash. ¿Hay alguna manera de lograr que nautilus use el directorio actual como directorio de trabajo para mimeopen?

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