
Tengo un archivo con la siguiente estructura:
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952
alt_id: GO:0050876
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
Donde dice alt_id
significa que es una alternativa al GO:
código anterior. Me gustaría agregar a cada uno alt_id
la definición del anterior GO:
, es decir, quiero un resultado como este:
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952 reproduction
alt_id: GO:0050876 reproduction
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013 obsolete thioredoxin
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
¿Cómo puedo copiar el contenido de la fila anterior en la siguiente? Trabajo con Cygwin en un entorno basado en Windows.
Respuesta1
Con awk
, no estoy seguro si funcionará enCygwin
$ awk '{ if(/^alt_id/){$0 = $0" "p} else{p = ""; for (i=2; i<=NF; i++) p = p" "$i} } 1' ip.txt
GO:0000001 mitochondrion inheritance
GO:0000002 mitochondrial genome maintenance
GO:0000003 reproduction
alt_id: GO:0019952 reproduction
alt_id: GO:0050876 reproduction
GO:0000005 obsolete ribosomal chaperone activity
GO:0000006 high-affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
GO:0000007 low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
GO:0000008 obsolete thioredoxin
alt_id: GO:0000013 obsolete thioredoxin
GO:0000009 alpha-1,6-mannosyltransferase activity
- Para cada línea que no coincida
alt_id
al inicio de la línea, use una variable (p
) para guardar todas las columnas desde la dos en adelante. - Cuando la línea coincide
alt_id
al inicio de la línea, agregue el contenido dep
la variable a la línea de entrada contenida en$0
la variable - El final
1
es un atajo para imprimir el contenido de$0
Respuesta2
La tarea se puede realizar fácilmente sised
sed '
N #append next line (operate with `line1\nline2`);
/\nalt_id/s/\([^0-9]*\)\n.*/&\1/
#if next line starts with `alt_id` the append end of present line
P #print present line (all before `\n`)
D #remove all before `\n`, starts from begin with remain part (line2)
' file
Otra forma es usar Hold-Space.
sed '
/^alt_id:/G #if line starts by `alt_id:` append hold-space
s/\n// #remove `\n`ewline symbol
t #if removing success pass further commands (go to end)
h #if no (for other lines) copy it to hold-space
s/\S*// #remove all non-space symbols from start till first space
x #exchange hold-space and pattern-space ==
#+put resedue into hold-space and return full line
' file