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Mantener solo líneas que siguen un patrón determinado

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Mantener solo líneas que siguen un patrón determinado

Tengo un archivo con 5,5 millones de líneas.

Ejemplo:

chr1    10000   10468   +   (TAACCC)n   Simple_repeat   Simple_repeat
chr1    10468   11447   -   TAR1    Satellite   telo
chr1    11504   11675   -   L1MC5a  LINE    L1
chr1    11677   11780   -   MER5B   DNA hAT-Charlie
chr10_GL383545v1_alt    11877   11980   -   Alu ERV1
chr11_BL383595v1_alt    12077   12980   -   Alu ERV1
chr3    11504   11675   -   L1MC5a  LINE    L1

Me interesa conservar solo las filas que no tienen _en la primera columna

La salida sería algo como:

chr1    10000   10468   +   (TAACCC)n   Simple_repeat   Simple_repeat
chr1    10468   11447   -   TAR1    Satellite   telo
chr1    11504   11675   -   L1MC5a  LINE    L1
chr1    11677   11780   -   MER5B   DNA hAT-Charlie
chr3    11504   11675   -   L1MC5a  LINE    L1

No sé cuántas de mis filas no deseadas existen. Preferiblemente me gustaría usarlo, awkpero los comandos bash normales también están bien.

Respuesta1

awkes más adecuado para tratar con columnas

awk '$1 !~ /_/' file

!~permite comprobar si algo no coincide con el patrón


Congrep

grep -v '^\S*_' file

o, si \Sno se reconoce,

grep -v '^[^[:space:]]*_' file

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