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Cómo exportar valores de datos en la terminal a un archivo CSV en Bash

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Cómo exportar valores de datos en la terminal a un archivo CSV en Bash

Me gustaría exportar los valores de datos generados en la Terminal a un archivo CSV. A continuación se muestra el resultado que obtengo después de ejecutar una instrucción en Freesurfer.

dev@dev-OptiPlex-780:~$ mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only

    $Id: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
    cwd 
    cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
    sysname  Linux
    hostname dev-OptiPlex-780
    machine  x86_64
    user     dev
    UseRobust  0
    atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

Del resultado anterior, me gustaría extraer el único valor de atlas_ICV(eTIV) (es decir, = 1144730 mm^3) en un archivo csv usando un script bash; cualquier sugerencia sería muy apreciada.

He escrito un código automatizado para extraer el valor ICV de 10 sujetos que tengo en mi directorio.

    for ICV in `cat list_subjects.txt`;do

    #mri_segstats --subject $ICV --etiv-only

   ICV_Calculation=mri_segstats --subject $ICV --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

    echo "${Subjects_ICV},${ICV_Calculation}" >>Subjects_ICV.csv

    done

donde list_subjects.txt incluye todos los temas que tengo en mi directorio

Respuesta1

Me gustaría extraer el único valor de atlas_ICV (eTIV)(es decir = 1144730 mm^3)

Dado este archivo:

: mri_segstats.c,v 1.75.2.9 2013/02/16 00:09:33 greve Exp $
cwd 
cmdline mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only 
sysname  Linux
hostname dev-OptiPlex-780
machine  x86_64
user     dev
UseRobust  0
atlas_icv (eTIV) = 1144730 mm^3    (det: 1.701803 )

Puedo usar esto sed:

sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p' atlas
1144730 mm^3

Si desea extraer ese valor de la salida a STDOUT, simplemente use una tubería, así:

cat atlas | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'
1144730 mm^3

En tu caso supongo que quedaría así:

mri_segstats --subject Sub1 --etiv-only | sed -n 's/.*(eTIV) = \([0-9].*mm^3\).*/\1/p'

sed --version
sed (GNU sed) 4.2.2

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