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awk를 사용하여 특정 열에서 0보다 작은 값과 점을 추출하고 전체 행을 인쇄하는 방법

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awk를 사용하여 특정 열에서 0보다 작은 값과 점을 추출하고 전체 행을 인쇄하는 방법

탭으로 구분된 파일이 있습니다. 두 번째 열에서 "exonic" 항목을 추출하고 세 번째 열에서 "비동의 SNV" 항목을 추출하고 열 4,5,7에서 (<1) 및 점(.)보다 작은 값을 추출하고 싶습니다.

Chr     Func.refGene    ExonicFunc.refGene  1000g2015aug_eas 1000g2015a avsnp147    ExAC_ALL
chr1    intergenic      synonymous SNV      .                .          .           .
chr1    exonic          nonsynonymous SNV   1.2              .          .           .
chr2    exonic          nonsynonymous SNV   0.246            .          rs2022      0.4061
chr2    intronic        synonymous SNV      .                0.7386     rs2289093   0.7275
chr2    exonic          nonsynonymous SNV   0.6131           0.7376     rs227       0.7167
chr2    intergenic      nonsynonymous SNV   .                0.231      .           .
chr3    exonic          synonymous SNV      0.2192           0.2376     rs230       0.2205
chr3    intergenic      nonsynonymous SNV   2.01             0.2376     rs230       0.2204

예상 출력

chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .       rs2289195   0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs2276599   0.7167

다음은 내가 작성한 코드입니다. awk -F'\t' '$2~/exonic/ && $3~/nonsynonymous SNV/ && $4~/^0/ && $5~/^0/ && $7~/^0/{print $0}' inputfile.txt >> outputfile.txt이 추출 항목은 열 4,5 및 7에서 0(1보다 작은)으로 시작하지만 1보다 작은 항목과 점(.)을 추출하는 방법을 모르겠습니다.

답변1

정규식 테스트보다는 문자열에 대한 문자열 비교와 숫자에 대한 숫자 비교를 제안합니다.

$2 == "exonic"

그리고

$4+0 < 1

( +0어휘적 비교보다는 수치적 비교를 강요함) 그 외에도 논리를 올바르게 만드는 것이 중요합니다.

$ awk -F'\t' '$2 == "exonic" && $3 == "nonsynonymous SNV" && ($4+0 < 1 || $4 == ".") && ($5+0 < 1 || $5 == ".") && ($7+0 < 1 || $7 == ".")' inputfile.txt
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .   rs2022  0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs227   0.7167

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