.gif 형식의 회전하는 3D Spacefill 분자 모델을 만드는 데 사용할 수 있는 무료 소프트웨어는 무엇입니까?

Question 1

큐트몰

개요

큐트몰내가 본 것 중 가장 아름다운 분자 시각화를 만들어냅니다. 소프트웨어는 FLOSS이며 공식 저장소에서 사용할 수 있습니다.

설명

QuteMol은 오픈 소스(GPL), 대화형, 고품질 분자 시각화 시스템입니다. QuteMol은 OpenGL 셰이더를 통해 현재 GPU 기능을 활용하여 다양한 혁신적인 시각 효과를 제공합니다. QuteMol 시각화 기술은 큰 분자나 복잡한 단백질의 3D 모양과 구조에 대한 명확성을 높이고 더 쉽게 이해하는 것을 목표로 합니다.

실시간 주변 폐색

깊이 인식 실루엣 향상

볼 앤 스틱, Space-Fill 및 감초 시각화 모드

출판 품질 렌더링 생성을 위한 고해상도 앤티앨리어싱 스냅샷

웹 페이지 애니메이션을 위한 회전하는 분자의 애니메이션 gif 자동 생성

대형 분자 및 단백질(>100,000개 원자)의 실시간 렌더링

표준 PDB 입력

NanoEngineer-1의 플러그인으로 나노 복합재에 대한 모델링 및 시뮬레이션 프로그램 지원(새로운 기능!)

QuteMol은 ISTI - CNR의 Visual Computing Lab의 Marco Tarini와 Paolo Cignoni가 개발했습니다.

스크린샷

여기에 이미지 설명을 입력하세요

설치

QuteMol 현재 지원되는 모든 Ubuntu 버전에 QuteMol을 설치하려면 터미널을 열고 다음을 입력하세요.

sudo apt install qutemol

메모: Ubuntu 빌드에는 많은 버그가 있는 것 같습니다. 일부 사소한 UI 요소가 올바르게 작동하지 않으며 렌더링으로 인해 때때로 변형된 구조가 생성됩니다. 마지막 요점은 주로 작은 분자로 작업할 때 발생하는 것 같습니다. 이러한 모든 문제는 WINE 또는 PlayOnLinux에서 QuteMol을 실행하여 해결할 수 있습니다.

문제가 리포지토리의 버전으로 제한되어 있는지 확인하기 위해 소스에서 QuteMol을 빌드하려고 시도했지만 터무니없이 어려운 작업이었고 제대로 작동하지 않았습니다.

용법

기본 사용법

QuteMol은 사용이 매우 쉽습니다. 원하는 PDB 파일을 열고 보기를 조정한 후 내보내기 버튼을 누르세요.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

GIF 형식을 선택하세요.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

원하는 렌더링 모드를 선택합니다. 애니메이션의 회전 시간과 프레임 수를 조정하여 FPS 수를 설정할 수 있습니다.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

렌더링 모드

전체 회전 모드:

여기에 이미지 설명을 입력하세요

검사 모드:

여기에 이미지 설명을 입력하세요

6면 모드:

여기에 이미지 설명을 입력하세요

메타돈(질문에 설명된 대로):

여기에 이미지 설명을 입력하세요

(방향과 셰이더 설정은 조금씩 다르지만 여기저기서 약간만 조정하면 동일하게 보일 수 있습니다)

구조적 데이터 찾기

PDB 데이터베이스

QuteMol은표준 .pdb파일입력으로. 이 형식은 단백질 및 기타 거대 분자에 가장 일반적으로 사용되지만 소분자에도 사용할 수 있습니다. .pdb다음에서 다양한 거대 분자 파일을 찾을 수 있습니다.단백질 데이터 뱅크.

마찬가지로 다운로드와 함께 제공되는 소분자에 대한 풍부한 구조 라이브러리는 .pdb찾기 어렵지만 다음 중 하나에서 행운을 시험해 볼 수 있습니다.

PDB 파일을 제공하거나 제공하지 않을 수 있는 다른 데이터베이스를 찾을 수 있습니다.여기.

시작하기 위해 메타돈에 사용한 PDB 파일을 업로드했습니다.여기. 이것은 WINE/PoL 버전에서 더 잘 작동할 수 있습니다.

PDB 파일을 얻는 다른 방법

.pdbMDF 파일과 같이 보다 보편적인 다른 형식에서 파일을 변환하여 얻을 수도 있습니다 .mol. babel다양한 화학 구조 형식 간에 변환하는 강력한 명령줄 도구인 를 사용하면 이를 수행할 수 있습니다 . 다음으로 설치하세요

sudo apt-get install babel

babel사용이 매우 간단합니다. 파일 입력과 원하는 출력을 지정하고 마술처럼 작동하게 하세요.

babel methadone.mol methadone.pdb

또는 바벨이 암시적 수소를 추가하도록 하려면:

babel -h methadone.mol methadone.pdb

pH를 정의하여 양성자화 상태를 변경할 수도 있습니다.

babel -h -p 6 methadone.mol methadone.pdb

3차원 구조 정보가 포함된 파일을 사용하도록 하세요. 그렇지 않으면 .pdb결과가 무의미해집니다.

3D MOL/SDF 파일의 좋은 소스는 다음과 같습니다.퍼브켐그리고아연. 파일을 다운로드할 때 3D SDF 옵션을 선택했는지 확인하세요.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

추가 내보내기 옵션

GIF는 웹 게시에는 적합하지만 크기와 기타 문제로 인해 프리젠테이션에 사용할 때는 상당히 귀찮은 일이 될 수 있습니다. 이 특정 사용 사례를 위해 GIF 파일을 MPEG4 비디오로 빠르게 변환하는 Nautilus 스크립트를 작성했습니다.

#!/bin/bash

# NAME          gif2mp4 0.1
# AUTHOR        Glutanimate (c) 2013 (https://askubuntu.com/users/81372/glutanimate)
# LICENSE       GNU GPL v3 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html)
# DESCRIPTION   Converts GIF files of a specific framerate to MP4 video files.
# DEPENDENCIES  zenity,imagemagick,avconv

TMPDIR=$(mktemp -d)
FPS=$(zenity --width 200 --height 100 --entry --title "gif2mp4" --text="Please enter the frame rate.")
VIDDIR=$(dirname $1)

if [ -z "$FPS" ]
  then
      exit
fi

notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "Converting $(basename "$1") ..."

convert $1 $TMPDIR/frame%02d.png
avconv -r $FPS -i $TMPDIR/frame%02d.png -qscale 4 "$VIDDIR/$(basename "$1" .gif).mp4"

notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "$(basename "$1") converted"

rm -rf $TMPDIR

출력 샘플:https://www.youtube.com/watch?v=odLnUwj8r4g

설치 지침은 여기에서 찾을 수 있습니다:노틸러스 스크립트를 어떻게 설치하나요?

파이몰

개요

QuteMol은 환상적인 작은 프로그램이지만 렌더링 모드와 이미지 조작 측면에서 상당히 제한되어 있습니다. 복합 시각화의 고급 처리에 대해서는 다음을 확인해 보세요.파이몰. 간단한 애니메이션을 만드는 방법에 대한 튜토리얼을 찾을 수 있습니다.여기. 여기에 튜토리얼을 작성하려고 했지만 그렇게 할 만큼 PyMOL에 능숙하지 않습니다.

하지만 마지막으로 한 가지만 말씀드리겠습니다. QuteMol과 마찬가지로 PyMOL에서도 유사한 그래픽 충실도를 얻으려면 다음 블로그 항목을 확인해야 합니다.

http://cupnet.net/ambient-occlusion-pymol/

http://lightnir.blogspot.de/2008/09/cute-molecules.html

스크린샷

여기에 이미지 설명을 입력하세요

렌더링 옵션에 대한 이 간단한 개요가 도움이 되었기를 바랍니다. 본 게시물에 잘못된 부분이 있으면 자유롭게 수정해주시기 바랍니다.

Answer

큐트몰

개요

큐트몰내가 본 것 중 가장 아름다운 분자 시각화를 만들어냅니다. 소프트웨어는 FLOSS이며 공식 저장소에서 사용할 수 있습니다.

설명

QuteMol은 오픈 소스(GPL), 대화형, 고품질 분자 시각화 시스템입니다. QuteMol은 OpenGL 셰이더를 통해 현재 GPU 기능을 활용하여 다양한 혁신적인 시각 효과를 제공합니다. QuteMol 시각화 기술은 큰 분자나 복잡한 단백질의 3D 모양과 구조에 대한 명확성을 높이고 더 쉽게 이해하는 것을 목표로 합니다.

실시간 주변 폐색

깊이 인식 실루엣 향상

볼 앤 스틱, Space-Fill 및 감초 시각화 모드

출판 품질 렌더링 생성을 위한 고해상도 앤티앨리어싱 스냅샷

웹 페이지 애니메이션을 위한 회전하는 분자의 애니메이션 gif 자동 생성

대형 분자 및 단백질(>100,000개 원자)의 실시간 렌더링

표준 PDB 입력

NanoEngineer-1의 플러그인으로 나노 복합재에 대한 모델링 및 시뮬레이션 프로그램 지원(새로운 기능!)

QuteMol은 ISTI - CNR의 Visual Computing Lab의 Marco Tarini와 Paolo Cignoni가 개발했습니다.

스크린샷

여기에 이미지 설명을 입력하세요

설치

QuteMol 현재 지원되는 모든 Ubuntu 버전에 QuteMol을 설치하려면 터미널을 열고 다음을 입력하세요.

sudo apt install qutemol

메모: Ubuntu 빌드에는 많은 버그가 있는 것 같습니다. 일부 사소한 UI 요소가 올바르게 작동하지 않으며 렌더링으로 인해 때때로 변형된 구조가 생성됩니다. 마지막 요점은 주로 작은 분자로 작업할 때 발생하는 것 같습니다. 이러한 모든 문제는 WINE 또는 PlayOnLinux에서 QuteMol을 실행하여 해결할 수 있습니다.

문제가 리포지토리의 버전으로 제한되어 있는지 확인하기 위해 소스에서 QuteMol을 빌드하려고 시도했지만 터무니없이 어려운 작업이었고 제대로 작동하지 않았습니다.

용법

기본 사용법

QuteMol은 사용이 매우 쉽습니다. 원하는 PDB 파일을 열고 보기를 조정한 후 내보내기 버튼을 누르세요.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

GIF 형식을 선택하세요.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

원하는 렌더링 모드를 선택합니다. 애니메이션의 회전 시간과 프레임 수를 조정하여 FPS 수를 설정할 수 있습니다.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

렌더링 모드

전체 회전 모드:

여기에 이미지 설명을 입력하세요

검사 모드:

여기에 이미지 설명을 입력하세요

6면 모드:

여기에 이미지 설명을 입력하세요

메타돈(질문에 설명된 대로):

여기에 이미지 설명을 입력하세요

(방향과 셰이더 설정은 조금씩 다르지만 여기저기서 약간만 조정하면 동일하게 보일 수 있습니다)

구조적 데이터 찾기

PDB 데이터베이스

QuteMol은표준 .pdb파일입력으로. 이 형식은 단백질 및 기타 거대 분자에 가장 일반적으로 사용되지만 소분자에도 사용할 수 있습니다. .pdb다음에서 다양한 거대 분자 파일을 찾을 수 있습니다.단백질 데이터 뱅크.

마찬가지로 다운로드와 함께 제공되는 소분자에 대한 풍부한 구조 라이브러리는 .pdb찾기 어렵지만 다음 중 하나에서 행운을 시험해 볼 수 있습니다.

PDB 파일을 제공하거나 제공하지 않을 수 있는 다른 데이터베이스를 찾을 수 있습니다.여기.

시작하기 위해 메타돈에 사용한 PDB 파일을 업로드했습니다.여기. 이것은 WINE/PoL 버전에서 더 잘 작동할 수 있습니다.

PDB 파일을 얻는 다른 방법

.pdbMDF 파일과 같이 보다 보편적인 다른 형식에서 파일을 변환하여 얻을 수도 있습니다 .mol. babel다양한 화학 구조 형식 간에 변환하는 강력한 명령줄 도구인 를 사용하면 이를 수행할 수 있습니다 . 다음으로 설치하세요

sudo apt-get install babel

babel사용이 매우 간단합니다. 파일 입력과 원하는 출력을 지정하고 마술처럼 작동하게 하세요.

babel methadone.mol methadone.pdb

또는 바벨이 암시적 수소를 추가하도록 하려면:

babel -h methadone.mol methadone.pdb

pH를 정의하여 양성자화 상태를 변경할 수도 있습니다.

babel -h -p 6 methadone.mol methadone.pdb

3차원 구조 정보가 포함된 파일을 사용하도록 하세요. 그렇지 않으면 .pdb결과가 무의미해집니다.

3D MOL/SDF 파일의 좋은 소스는 다음과 같습니다.퍼브켐그리고아연. 파일을 다운로드할 때 3D SDF 옵션을 선택했는지 확인하세요.

여기에 이미지 설명을 입력하세요

추가 내보내기 옵션

GIF는 웹 게시에는 적합하지만 크기와 기타 문제로 인해 프리젠테이션에 사용할 때는 상당히 귀찮은 일이 될 수 있습니다. 이 특정 사용 사례를 위해 GIF 파일을 MPEG4 비디오로 빠르게 변환하는 Nautilus 스크립트를 작성했습니다.

#!/bin/bash

# NAME          gif2mp4 0.1
# AUTHOR        Glutanimate (c) 2013 (https://askubuntu.com/users/81372/glutanimate)
# LICENSE       GNU GPL v3 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html)
# DESCRIPTION   Converts GIF files of a specific framerate to MP4 video files.
# DEPENDENCIES  zenity,imagemagick,avconv

TMPDIR=$(mktemp -d)
FPS=$(zenity --width 200 --height 100 --entry --title "gif2mp4" --text="Please enter the frame rate.")
VIDDIR=$(dirname $1)

if [ -z "$FPS" ]
  then
      exit
fi

notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "Converting $(basename "$1") ..."

convert $1 $TMPDIR/frame%02d.png
avconv -r $FPS -i $TMPDIR/frame%02d.png -qscale 4 "$VIDDIR/$(basename "$1" .gif).mp4"

notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "$(basename "$1") converted"

rm -rf $TMPDIR

출력 샘플:https://www.youtube.com/watch?v=odLnUwj8r4g

설치 지침은 여기에서 찾을 수 있습니다:노틸러스 스크립트를 어떻게 설치하나요?

파이몰

개요

QuteMol은 환상적인 작은 프로그램이지만 렌더링 모드와 이미지 조작 측면에서 상당히 제한되어 있습니다. 복합 시각화의 고급 처리에 대해서는 다음을 확인해 보세요.파이몰. 간단한 애니메이션을 만드는 방법에 대한 튜토리얼을 찾을 수 있습니다.여기. 여기에 튜토리얼을 작성하려고 했지만 그렇게 할 만큼 PyMOL에 능숙하지 않습니다.

하지만 마지막으로 한 가지만 말씀드리겠습니다. QuteMol과 마찬가지로 PyMOL에서도 유사한 그래픽 충실도를 얻으려면 다음 블로그 항목을 확인해야 합니다.

http://cupnet.net/ambient-occlusion-pymol/

http://lightnir.blogspot.de/2008/09/cute-molecules.html

스크린샷

여기에 이미지 설명을 입력하세요

렌더링 옵션에 대한 이 간단한 개요가 도움이 되었기를 바랍니다. 본 게시물에 잘못된 부분이 있으면 자유롭게 수정해주시기 바랍니다.

Question 2

나는 다음을 보는 것이 좋습니다.우분투과학시작하는 데 도움이 되는 패키지입니다.

기본 저장소에는 이미 사용할 수 있는 프로그래밍 및 시각화 관련 소프트웨어 패키지가 상당히 많이 있습니다.

gdis예를 들어, 아래의 를 살펴보겠습니다.화학섹션에우분투과학페이지.

이 특정 소프트웨어는"OpenGL 및 POVRay 렌더링을 지원하는 분자 디스플레이 프로그램입니다."

를 설치하려면 gdis터미널에서 다음 명령을 실행하세요(ctrl+alt+T).

sudo apt-get install gdis

이 패키지를 설치하려면 다음 종속성도 설치해야 합니다.

gdis-data
openbabel

설치가 완료되면 메뉴에서 프로그램을 엽니다.

내 경우에는 Xfce를 실행하면서 응용 프로그램 메뉴 --> 교육 --> GDIS Data Modeler로 이동합니다. 또는 터미널을 열고(ctrl+alt+T) 를 입력할 수도 있습니다 gdis.

응용 프로그램을 열면 파일 --> 열기로 이동합니다.

여기에서 다음으로 이동하여 /usr/share/gdis/models샘플 파일을 엽니다.

-- 이 예에서는 파일을 엽니다 /usr/share/gdis/models/arag.gin.

분자의 회전 애니메이션을 실행하려면:

도구 모음에서 녹음 아이콘을 선택합니다.

분자를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 몇 초 동안 마우스를 드래그합니다.
메뉴로 돌아가기 -- 도구 선택 --> 시각화 --> 애니메이션 -- 이제 재생 버튼을 선택하여 분자 조작을 재생해 보세요.

GDIS의 기본 둘러보기를 보려면 다음을 살펴보세요.튜토리얼.

Answer

나는 다음을 보는 것이 좋습니다.우분투과학시작하는 데 도움이 되는 패키지입니다.

기본 저장소에는 이미 사용할 수 있는 프로그래밍 및 시각화 관련 소프트웨어 패키지가 상당히 많이 있습니다.

gdis예를 들어, 아래의 를 살펴보겠습니다.화학섹션에우분투과학페이지.

이 특정 소프트웨어는"OpenGL 및 POVRay 렌더링을 지원하는 분자 디스플레이 프로그램입니다."

를 설치하려면 gdis터미널에서 다음 명령을 실행하세요(ctrl+alt+T).

sudo apt-get install gdis

이 패키지를 설치하려면 다음 종속성도 설치해야 합니다.

gdis-data
openbabel

설치가 완료되면 메뉴에서 프로그램을 엽니다.

내 경우에는 Xfce를 실행하면서 응용 프로그램 메뉴 --> 교육 --> GDIS Data Modeler로 이동합니다. 또는 터미널을 열고(ctrl+alt+T) 를 입력할 수도 있습니다 gdis.

응용 프로그램을 열면 파일 --> 열기로 이동합니다.

여기에서 다음으로 이동하여 /usr/share/gdis/models샘플 파일을 엽니다.

-- 이 예에서는 파일을 엽니다 /usr/share/gdis/models/arag.gin.

분자의 회전 애니메이션을 실행하려면:

도구 모음에서 녹음 아이콘을 선택합니다.

분자를 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 몇 초 동안 마우스를 드래그합니다.
메뉴로 돌아가기 -- 도구 선택 --> 시각화 --> 애니메이션 -- 이제 재생 버튼을 선택하여 분자 조작을 재생해 보세요.

GDIS의 기본 둘러보기를 보려면 다음을 살펴보세요.튜토리얼.

Question 3

몰기프

당신은 또한 사용할 수 있습니다몰기프. xyz 파일에서 분자의 Gif 애니메이션을 생성하기 위한 명령줄 도구입니다.

molgif 카페인.xyz

카페인 분자

Answer

몰기프

당신은 또한 사용할 수 있습니다몰기프. xyz 파일에서 분자의 Gif 애니메이션을 생성하기 위한 명령줄 도구입니다.

molgif 카페인.xyz

카페인 분자

.gif 형식의 회전하는 3D Spacefill 분자 모델을 만드는 데 사용할 수 있는 무료 소프트웨어는 무엇입니까?

답변1

큐트몰

파이몰

답변2

답변3

몰기프

관련 정보