설치하고 싶어요아나르치RHEL 6에서. Python 2.7.7이 설치되어 있습니다. 홈 페이지를 읽을 수 있듯이 ANARCI에는 Python 2.6+ 및 HMMER3이 필요합니다. 나는 anarci tar.gz를 다운로드한 다음 압축을 풀었습니다. 로 설치했습니다
python setup.py install --prefix=/tmp/anarci
하지만 를 실행하면 /tmp/anarci/bin/ANARCI -hANARCI라는 모듈이 표시되지 않습니다.
이 경우 HMMER 종속성을 어떻게 지정합니까? ANARCI를 어떻게 설치하나요?
답변1
답장을 보내 주셔서 감사합니다. 귀하의 제안이 저에게 효과적이었습니다. python 이후에 변경된 유일한 사항은 PYTHONPATH에 사이트 패키지를 추가해야 한다는 것입니다.
따라서 내보내기 PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH가 작업을 수행했습니다.
2017년 5월 29일 월요일 오후 6시 53분에 Dunbar, James가 썼습니다: 안녕하세요 Prashant,
답변이 느려서 죄송합니다.
anarci Python 모듈은 PYTHONPATH 환경 변수에 있어야 하고 PATH의 hmmscan 바이너리(hmmer3에서)가 있어야 합니다.
예를 들어 bash 쉘을 먼저 실행하면 다음과 같습니다.
내보내기 PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH 내보내기 PATH=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH
그런 다음: /tmp/anarci/bin/ANARCI
도움이 되길 바랍니다. 추가 질문이 있으면 알려주시기 바랍니다.
최고야, 제임스
2017년 5월 29일 15:13에 James Dunbar는 다음과 같이 썼습니다.
---------- 전달된 메시지 ---------- 보낸 사람: Prashant Shete <[이메일 보호됨]> 날짜: 2017년 5월 22일 20:18 제목: 항체 번호 매기기 - ANARCI 설치 대상:[이메일 보호됨]
안녕하세요 제임스,
ANARCI를 설치하려고했습니다.http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php
말했듯이 Python 2.6+ 및 HMMER3이 필요합니다. anarci tar.gz 를 다운로드하고 압축을 풀고 RHEL 6 시스템에서 python setup.py install --prefix=/tmp/anarci 를 실행했습니다.
또한 HMMER-3.1을 다운로드하고 make를 완료하고 접두사 /tmp/HMMER-3.1을 사용하여 make를 설치했습니다.
하지만 /tmp/anarci/bin/ANARCI를 실행하면 anarci라는 모듈이 표시되지 않습니다. HMMER 종속성을 지정하지 않았기 때문입니까? 그렇다면 어떻게 할 수 있습니까?