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Burrows-Wheeler Aligner(Linux) 설치 문제

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Burrows-Wheeler Aligner(Linux) 설치 문제

양해해 주시기 바랍니다. 저는 가상 머신과 Linux를 모두 사용하고 있습니다.

BWA를 설치하는 데 문제가 있습니다(링크) 내 Linux 가상 머신에 있습니다. 나는 여러 가지 방법을 시도했지만 내가 찾은 가장 완전한 지침은 다음과 같은 의료 부서에서 나온 것입니다.코넬, 하지만 아마도 그들이 나에게 원하는 것이 무엇인지 오해하고 있는 것 같습니다.

sourceforge에서 최신 버전 0.7.9a를 다운로드하여 홈 디렉터리의 폴더로 옮겼습니다. 파일 경로는 다음과 같습니다.

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

그런 다음 파일의 압축을 풀었습니다.

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

그런 다음 파일을 압축 해제했습니다.

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

그런 다음 내가 만든 새 디렉터리로 이동했습니다.

cd bwa-0.7.9a

그런 다음 "make 명령"을 사용했습니다.

make

내가 전화를 끊는 곳은 다음과 같다.

터미널은 다음 오류를 인쇄합니다.

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

이 오류를 어떻게 처리해야 할지 모르겠습니다. 수행해야 할 작업에 대해 통찰력을 제공해 주시겠습니까?

코넬 웹사이트에서 제공하는 지침의 다음 단계와 관련된 두 번째 질문입니다. 그것은 읽습니다,

"~/.bashrc를 편집하고 추가하여 PATH에 bwa를 추가하세요.

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

내 홈 디렉터리에 .bashrc가 있습니다(명령줄에서 ls -a를 사용하거나 탐색기에서 ctrl+h를 사용하여 볼 수 있습니다). 적절한 코드 줄을 포함하도록 파일을 편집하는 방법을 잘 모르겠습니다. 즉, 해당 코드를 해당 파일의 아무 곳에나 붙여넣으면 됩니까?

나는 그들의 지시를 다음과 같은 내용에 따라 뭔가를 추가해야 한다는 의미로 해석했습니다.

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

하지만 그게 맞는지는 잘 모르겠습니다.

다음 명령을 통해 훨씬 이전 버전(0.5)을 설치했습니다.

get-apt install bwa

하지만 이 프로그램의 오래된 버전을 사용하고 싶지 않습니다.

너희들이 나에게 줄 수 있는 어떤 도움이라도 대단히 감사하겠습니다.

감사해요,

호스트 머신 OS: Windows 7 Home Premium(64비트)(서비스 팩 1)
가상 머신 소프트웨어: Oracle VirtualBox 버전 4.3.12
게스트 머신 OS: Ubuntu 14.02(32비트(64비트에서는 작동하지 않음)

답변1

ZLIB 헤더 파일이 누락된 것 같습니다.

노력하다:

sudo apt-get install zlib1g-dev

아니면:

sudo apt-get install zlib-dev

첫 번째가 올바른 것이어야 하지만 테스트할 Ubuntu 시스템이 없습니다.

이것이 귀하의 문제를 해결해주기를 바랍니다!

편집하다
Ubuntu VM을 생성하고 확인했습니다.sudo apt-get install zlib1g-dev올바른 명령입니다.

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