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awk 또는 sed를 사용하여 특정 열의 큰따옴표

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awk 또는 sed를 사용하여 특정 열의 큰따옴표

다음과 같은 입력이 있습니다.

##gff-version 3
chr1    TAIR10  mRNA    3631    5899    .   +   .   ID AT1G01010.1 ;geneID AT1G01010 ;gene_name AT1G01010
chr1    TAIR10  exon    3631    3913    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    3996    4276    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    4486    4605    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    4706    5095    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    5174    5326    .   +   .   Parent AT1G01010.1
chr1    TAIR10  exon    5439    5899    .   +   .   Parent AT1G01010.1

ID, geneID 및 gene_name에 다음 출력과 같이 큰따옴표가 포함되기를 원합니다.

  ##gff-version 3
    chr1    TAIR10  mRNA    3631    5899    .   +   .   ID "AT1G01010.1" ;geneID "AT1G01010" ;gene_name "AT1G01010"
    chr1    TAIR10  exon    3631    3913    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    3996    4276    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    4486    4605    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    4706    5095    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    5174    5326    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"
    chr1    TAIR10  exon    5439    5899    .   +   .   Parent "AT1G01010.1"

나는 테스트를 해왔다.

awk '{sub($10, "\"&\""); print}' file.gtf

내 질문을 읽어주셔서 감사합니다

답변1

빠르고 더러운

sed -E 's#(ID|Parent|gene_name) ([0-9A-Za-z.]+)#\1 \"\2\"#g'

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