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텍스트 파일의 일치 여부에 따라 다른 기본 이름을 사용하여 tar.gz 파일을 디렉터리로 추출합니다.

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텍스트 파일의 일치 여부에 따라 다른 기본 이름을 사용하여 tar.gz 파일을 디렉터리로 추출합니다.

수백 개의 폴더가 있는데 일부는 tar.gz 파일이 있고 일부는 bam 파일이 있습니다. tar.gz 파일을 다른 디렉토리에 추출하고 싶었습니다. tar.gz 파일이 있는 폴더는 아래와 같습니다.

d1017f74-3a39-4427-af57-273e34247b49
           ├──--- UNCID_2207021.7b9569bc-f513-4b64-9a7c-7bb53b9be79b.110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX_3_ACAGTG.tar.gz
5e2d5c52-596f-49bc-967c-42129abbacbf
           ├──--- UNCID_2208720.71b58051-3bf8-4dfb-a431-c8aceab7c799.110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX_2.tar.gz
2ef74f93-5da2-454c-aca2-d86c289eacb8
           ├──--- UNCID_2206802.25be50e7-7705-492d-a44a-0e40180d10c8.110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX_1_CTTGTA.tar.gz
e01ca3e0-beb0-46b7-bb7c-f5b16f966918
           ├──--- UNCID_2521679.d817dcee-1322-4949-a6e9-138447e6fc56.140417_UNC13-SN749_0343_BC41HBACXX_5_CTTGTA.tar.gz
992a7083-28ce-4857-898e-9d4b4fbf2fa1
           ├──--- UNCID_2319278.bf92b8cc-9a5c-4e96-917c-c264fe588f8d.131118_UNC12-SN629_0336_AC31D0ACXX_5_ACTTGA.tar.gz

tar.gz 파일을 대상 디렉토리로 추출하기 위해 다음 명령을 사용했습니다.

find /path/to/directory -name '*.tar.gz' -execdir tar -C /path/to/targetdirectory -xzvf '{}' \;

이 명령은 아래와 같은 이름을 가진 일부 tar.gz 파일에 대한 출력 fastq 파일을 제공합니다.

110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX.3_1.fastq
110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX.3_2.fastq

110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX.2_1.fastq
110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX.2_2.fastq

110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX.1_1.fastq
110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX.1_2.fastq

이것은 내가 원하는 것이 아닙니다. 폴더 이름, tar.gz 파일 이름, 샘플 이름이 다음과 같은 텍스트 파일이 있습니다.

FolderNames                                         Tar.gz files                                                                                 SampleNames
d1017f74-3a39-4427-af57-273e34247b49    UNCID_2207021.7b9569bc-f513-4b64-9a7c-7bb53b9be79b.110801_UNC12-SN629_0115_BD0DVEABXX_3_ACAGTG.tar.gz   S-E9-A1NA-11A
5e2d5c52-596f-49bc-967c-42129abbacbf    UNCID_2208720.71b58051-3bf8-4dfb-a431-c8aceab7c799.110608_UNC13-SN749_0073_BD0CV8ABXX_2.tar.gz    S-AO-A12H-01A
2ef74f93-5da2-454c-aca2-d86c289eacb8    UNCID_2206802.25be50e7-7705-492d-a44a-0e40180d10c8.110901_UNC12-SN629_0127_BC025UABXX_1_CTTGTA.tar.gz   S-AC-A23E-01A
e01ca3e0-beb0-46b7-bb7c-f5b16f966918    UNCID_2521679.d817dcee-1322-4949-a6e9-138447e6fc56.140417_UNC13-SN749_0343_BC41HBACXX_5_CTTGTA.tar.gz   S-C8-A8HR-01A
992a7083-28ce-4857-898e-9d4b4fbf2fa1    UNCID_2319278.bf92b8cc-9a5c-4e96-917c-c264fe588f8d.131118_UNC12-SN629_0336_AC31D0ACXX_5_ACTTGA.tar.gz   S-A8-A08A-01A

출력은 텍스트 파일에서 샘플 이름을 가져와야 하며 다음과 같아야 합니다.

S-E9-A1NA-11A.3_1.fastq
S-E9-A1NA-11A.3_2.fastq

S-AO-A12H-01A.2_1.fastq
S-AO-A12H-01A.2_2.fastq

S-AC-A23E-01A.1_1.fastq
S-AC-A23E-01A.1_2.fastq

S-C8-A8HR-01A.5_1.fastq
S-C8-A8HR-01A.5_2.fastq

S-A8-A08A-01A.5_1.fastq
S-A8-A08A-01A.5_2.fastq

답변1

그럼 이런 것도 있나요?

while read -r folder tarfile sample; do
  find /path/to/directory/"$folder" -name "$tarfile" -execdir sh -c '
        tar -C /path/to/targetdirectory -xzvf "$0";
        for f in *.fastq; do
            mv "$f" "$1.${f#*.}";
        done' {} "$sample" \;
done <Foldernames

나는 당신이 find여기에 필요한지 전혀 확신하지 못하지만 당신의 설명은 정확히 무엇이고 그 하위 디렉토리가 무엇을 가리키는지 밝히지 않으므로 /path/to당신이 거기에서 무엇을 하고 있는지(또는 그렇지 않은 경우 그것을 멈추는 방법)를 알고 있다고 가정합니다. .

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