다음을 실행하여 rJava를 설치했습니다.R CMD javareconf -e | tee javareconf.out
cat javareconf.out
Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_201
Java home path : /usr/lib/jvm/java-8-oracle
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/jar
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include/linux
detected JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include/linux -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-1SEA_D/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bash
R 내에서도 rJava 패키지를 설치했습니다( install.packages("rJava")). 이제 R에서는 rJava를 사용할 수 있지만 RStudio에서는 사용할 수 없습니다.
Java lib를 포함하도록 LD_LIBRARY_PATH를 변경한 다음 RStudio 내에서 rJava를 설치하려고 시도했지만 성공하지 못했습니다.export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server:$LD_LIBRARY_PATH"
흥미로운 점은 RStudio를 열면 sudo rstudio kill-allR에서처럼 작동하지만 도크에 있는 아이콘을 클릭하여 RStudio를 열면 다음 오류가 발생한다는 것입니다.
> library(rJava)
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/home/kzkedzierska/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
RStudio를 다시 설치하고(그리고 내 홈 디렉터리에 남아 있는 .rstudio 디렉터리를 수동으로 삭제하려고 시도했지만 sudo apt purge rstudio) 도움이 되지 않았습니다...
이 문제를 해결하기 위해 무엇을 할 수 있는지 아시나요?
편집하다:
이제 문제는 R CMD javareconf가 RStudio의 rJava 설치 로그에서 RStudio의 경로를 변경하지 않았다는 것입니다.
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java'
archiver : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/jar'
compiler : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javac'
header prep.: ''
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/default-java/include -I/usr/lib/jvm/default-java/include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/default-java/lib/server -ljvm'
checking whether Java run-time works... ./configure: line 3766: /usr/lib/jvm/default-java/bin/java: No such file or directory
no
configure: error: Java interpreter '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java' does not work
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/kzkedzierska/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava’
어떻게 바꾸는지 아세요? 실행과 동일 R CMD javareconf -e하지만 Rstudio에서?
