내 이해에 따르면 mysql은 Python 3과 호환되지 않습니다. Google에서 Python 버전을 다운그레이드하기 위해 다음과 같은 여러 가지 방법을 시도했습니다.
conda install python=2.7.12
그러나 이것은 작동하지 않았습니다. 특히 일부 게놈 데이터를 분석하기 위해 RepeatModeler(생물정보학 도구)를 실행하려고 하기 때문에 mySQL을 사용해야 합니다. 누구든지 도와줄 수 있나요? 나는 한동안 이 문제를 해결하려고 노력해 왔습니다. 감사해요!
답변1
당신은 그렇지 않습니다.
Python 2와 3은 실제로 다른 언어/런타임입니다.
python을 호출하면 python2이고, python 3이 필요하면 python 3입니다.
예를 들어 우분투 18.04에서
Python을 직접 호출하면
geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul 9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2
python3 동안
당신에게 준다
geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
기본적으로 Python 2와 3은 공존할 수 있습니다. 특정 버전이 필요하지 않은 경우 virtualenv와 같은 것이 필요할 수 있습니다. 그것을 설정하는 것은 내 대답의 범위를 벗어난 것입니다.
MySQL의 경우
mysql 서버 메타패키지를 설치하면 다음 패키지가 설치됩니다.
The following additional packages will be installed:
libcgi-fast-perl libcgi-pm-perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-perl
libhtml-template-perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7
Python에 대한 요구 사항은 전혀 없습니다. mysql을 위한 python 및 python 3 라이브러리가 있는 것 같습니다. 하지만 살펴보니Repeatmodeler의 github 페이지, Python 전제 조건이 없는 Perl 기반인 것 같습니다.
실제로 당신은 문제를 잘못된 방향으로 보고 있습니다.
흥미롭게도 그 github 페이지는 다음과 같이 말합니다.
경고: 기능적인 RepeatModeler 패키지가 있다고 주장하는 bioconda 및 docker 패키지가 떠다니고 있습니다. 둘 다 올바르게 작동하지 않습니다. 당분간은 아래 설명에 따라 이 프로그램을 설치하는 것이 좋습니다.
따라서 문제는 다른 곳에 있을 수 있습니다. 아마도 사용 중인 아나콘다 저장소에 있을 수 있습니다.