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시작과 끝

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시작과 끝

아래의 데이터 블록(여러 개)이 있습니다.

chr1.trna4 (17188416-17188486)  Length: 71 bp
Type: Gly   Anticodon: CCC at 33-35 (17188448-17188450) Score: 78.3
HMM Sc=56.60    Sec struct Sc=21.70
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |
Seq: GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTCCCACGCGGGAGaCCCGGGTTCAATTCCCGGCCAATGCA
Str: >>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

각 블록에 대해 로 시작하는 블록의 마지막 줄에서 8번째 패턴을 찾아야 합니다 Str. 위의 경우 8번째 패턴은 .......(7주기)입니다. 이는 첫 번째 기호 집합이 >하나의 패턴을 만들고, 두 번째 마침표 집합이 두 번째 패턴을 만드는 식으로 진행되기 때문입니다.

Seq이제 패턴 라인 바로 위의 라인 에서 해당 7자를 추출해야 합니다 . 예제에서 이는 하위 시퀀스 에 해당합니다 CTCCCAC.

출력은 다음과 같아야합니다Seq is CTCCCAC and Anticodon: CCC

이것이 가능합니까 bash? 아니면 어떤 쉘에서도 가능합니까?

데이터 블록의 추가 예

chr19.trna11 (4724719-4724647)  Length: 73 bp
Type: Val   Anticodon: CAC at 34-36 (4724686-4724684)   Score: 79.2
HMM Sc=49.10    Sec struct Sc=30.10
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |  
Seq: GTTTCCGTAGTGTAGCGGTtATCACATTCGCCTCACACGCGAAAGGtCCCCGGTTCGATCCCGGGCGGAAACA
Str: >>>>>>>..>>>..........<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chr19.trna12 (1383433-1383361)  Length: 73 bp
Type: Phe   Anticodon: GAA at 34-36 (1383400-1383398)   Score: 88.9
HMM Sc=68.40    Sec struct Sc=20.50
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |  
Seq: GCCGAAATAGCTCAGTTGGGAGAGCGTTAGACTGAAGATCTAAAGGtCCCTGGTTCGATCCCGGGTTTCGGCA
Str: >>>>>>>..>>>>........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chr21.trna1 (18827177-18827107) Length: 71 bp
Type: Gly   Anticodon: GCC at 33-35 (18827145-18827143) Score: 80.9
HMM Sc=60.10    Sec struct Sc=20.80
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |
Seq: GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTGCCACGCGGGAGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCCATGCA
Str: >>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.



chrX.trna4 (18693101-18693029)  Length: 73 bp
Type: Val   Anticodon: TAC at 34-36 (18693068-18693066) Score: 82.9
HMM Sc=54.70    Sec struct Sc=28.20
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |  
Seq: GGTTCCATAGTGTAGTGGTtATCACGTCTGCTTTACACGCAGAAGGtCCTGGGTTCGAGCCCCAGTGGAACCA
Str: >>>>>>>..>>>..........<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chrX.trna6 (3833344-3833271)    Length: 74 bp
Type: Ile   Anticodon: GAT at 35-37 (3833310-3833308)   Score: 75.5
HMM Sc=50.20    Sec struct Sc=25.30
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |   
Seq: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA
Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.


chrX.trna8 (3794915-3794842)    Length: 74 bp
Type: Ile   Anticodon: GAT at 35-37 (3794881-3794879)   Score: 75.5
HMM Sc=50.20    Sec struct Sc=25.30
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |   
Seq: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA
Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.



chrX.trna10 (3756491-3756418)   Length: 74 bp
Type: Ile   Anticodon: GAT at 35-37 (3756457-3756455)   Score: 75.5
HMM Sc=50.20    Sec struct Sc=25.30
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |   
Seq: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA
Str: >>>>>>>..>>>>.........<<<<.>>>>>.......<<<<<.....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.

chr19.trna8 (45981945-45981859) Length: 87 bp
Type: SeC   Anticodon: TCA at 36-38 (45981910-45981908) Score: 146.9
HMM Sc=0.00 Sec struct Sc=0.00
         *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    *    |    * 
Seq: GCCCGGATGATCCTCAGTGGTCTGGGGTGCAGGCTTCAAACCTGTAGCTGTCTAGCGACAGAGTGGTTCAATTCCACCTTTCGGGCG
Str: >>>>>>>.>..>>>>>>....<<<<<<<<<<<<.......<<<<<<.>>>>>....<<<<<.>>>>.......<<<<<.<<<<<<<.

답변1

사용 awk:

$ awk -f script.awk file
Sequence: CTCACAC, Anticodon: CAC, Type: Val
Sequence: CTGAAGA, Anticodon: GAA, Type: Phe
Sequence: CTGCCAC, Anticodon: GCC, Type: Gly
Sequence: TTTACAC, Anticodon: TAC, Type: Val
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTTCAAA, Anticodon: TCA, Type: SeC

script.awk다음 프로그램은 어디에 있습니까 awk?

/^Type:/ {
        type = $2
        anticodon = $4
        split($6, pos, "-")
}

/^Seq:/ {
        seq = substr($2, pos[1]-2, length(anticodon) + 4)
        # or: seq = substr($2, pos[1]-2, pos[2]-pos[1]+5)
        printf "Sequence: %s, Anticodon: %s, Type: %s\n", seq, anticodon, type
}

첫 번째 블록은 문자열로 시작하는 행에 의해 트리거되고 Type:두 번째 및 네 번째 공백으로 구분된 필드에서 유형 및 안티코돈 시퀀스를 선택하고 6번째 필드를 분할하여 -시퀀스의 시작 및 끝 좌표를 생성합니다.

두 번째 블록은 문자열로 시작하는 줄에 의해 트리거되며 안티코돈의 시작 위치와 최신 줄 Seq:에서 읽은 안티코돈 길이를 사용하여 두 번째 공백으로 구분된 필드에서 시퀀스를 선택합니다. Type:- 양쪽에 쌍이 있습니다.

그런 다음 출력이 생성됩니다.

다음 스크립트는 라인 에 제공된 안티코돈의 숫자 위치 대신 원하는 시퀀스를 추출하기 위해 라인 sed의 8번째 "패턴"을 사용합니다 .Str:Type:

/^Type:[[:blank:]]*/ {
        s/.*Type: \([^[:blank:]]*\)[[:blank:]]*Anticodon: \([^[:blank:]]*\).*/ Anticodon: \2, Type: \1/
        h
}

/^Seq:[[:blank:]]*/ {
        s//Sequence: /
        G
        y/\n/,/
        w data.tmp
}

/^Str:[[:blank:]]*/ {
        s///
        s,\(\(\([<>.]\)\3*\)\{7\}\)\(\([<>.]\)\5*\).*,s/: \1\\(\4\\)[^\,]*/: \\1/;n,
        y/<>/../
        w pass2.sed
}

d

(후행은 d오타가 아닙니다).

두 단계로 수행됩니다.

첫 번째 단계에서는 두 개의 새 파일이 생성 data.tmp되고 pass2.sed.

$ sed -f script.sed file

(이로부터 터미널 출력은 없습니다)

주어진 데이터에 대해 data.tmp다음과 같습니다.

Sequence: GTTTCCGTAGTGTAGCGGTtATCACATTCGCCTCACACGCGAAAGGtCCCCGGTTCGATCCCGGGCGGAAACA, Anticodon: CAC, Type: Val
Sequence: GCCGAAATAGCTCAGTTGGGAGAGCGTTAGACTGAAGATCTAAAGGtCCCTGGTTCGATCCCGGGTTTCGGCA, Anticodon: GAA, Type: Phe
Sequence: GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCCTGCCACGCGGGAGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCCATGCA, Anticodon: GCC, Type: Gly
Sequence: GGTTCCATAGTGTAGTGGTtATCACGTCTGCTTTACACGCAGAAGGtCCTGGGTTCGAGCCCCAGTGGAACCA, Anticodon: TAC, Type: Val
Sequence: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: GGCCGGTTAGCTCAGTTGGTaAGAGCGTGGTGCTGATAACACCAAGGtCGCGGGCTCGACTCCCGCACCGGCCA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: GCCCGGATGATCCTCAGTGGTCTGGGGTGCAGGCTTCAAACCTGTAGCTGTCTAGCGACAGAGTGGTTCAATTCCACCTTTCGGGCG, Anticodon: TCA, Type: SeC

while은 이를 사후 처리하는 스크립트 pass2.sed입니다 .sed

s/: ...............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ...............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ..............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ...............................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: ................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n
s/: .................................\(.......\)[^,]*/: \1/;n

pass2.sed에 적용하면 data.sed최종 결과가 제공됩니다.

$ sed -f pass2.sed data.tmp
Sequence: CTCACAC, Anticodon: CAC, Type: Val
Sequence: CTGAAGA, Anticodon: GAA, Type: Phe
Sequence: CTGCCAC, Anticodon: GCC, Type: Gly
Sequence: TTTACAC, Anticodon: TAC, Type: Val
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTGATAA, Anticodon: GAT, Type: Ile
Sequence: CTTCAAA, Anticodon: TCA, Type: SeC

참고: 두 번째 단계가 어떻게 수행되는지 잘 모르겠습니다.매우대규모 데이터 세트.

답변2

안티코돈과 함께 시작 인덱스를 추출할 수 있다고 가정하면 다음과 같습니다.

len=7
prior=2

while IFS= read  -r line; do
    if [[ $line =~ Anticodon:" "([[:alpha:]]+)" at "([0-9]+) ]]; then
        anticodon=${BASH_REMATCH[1]}
        start=$(( BASH_REMATCH[2] - 1))  # string indexing is zero-based
    elif [[ $line == "Seq: "* ]]; then
        seq=${line#Seq: }
        printf "Seq: %s, Anticodon: %s\n" "${seq:start-prior:len}" "$anticodon"
    fi
done < file

매번 "Str:" 줄을 구문 분석하지만 길이를 7로 하드코딩하지 않는 더 복잡한 솔루션입니다("n번째" 패턴을 하드코딩합니다).

8thSeq() {
    local seq=$1 str=$2
    local last=${str:0:1}
    local nth=8 n=1 start

    for (( i=1; i < ${#str}; i++)); do
        if [[ "${str:i:1}" != "$last" ]]; then
            ((n++))
            if ((n == nth)); then
                start=$i
            elif ((n == nth+1)); then
                echo "${seq:start:i-start}"
                break
            fi
        fi
        last=${str:i:1}
    done
}

while IFS= read  -r line; do
    if [[ $line =~ Anticodon:" "([[:alpha:]]+) ]]; then
        anticodon=${BASH_REMATCH[1]}
    elif [[ $line == "Seq: "* ]]; then
        seq=${line#Seq: }
    elif [[ $line == "Str: "* ]]; then
        str=${line#Str: }
        printf "Seq: %s, Anticodon: %s\n" "$(8thSeq "$seq" "$str")" "$anticodon"
    fi
done < file

"더 많은" 데이터를 사용하여 두 솔루션 모두 출력

Seq: CTCACAC, Anticodon: CAC
Seq: CTGAAGA, Anticodon: GAA
Seq: CTGCCAC, Anticodon: GCC
Seq: TTTACAC, Anticodon: TAC
Seq: CTGATAA, Anticodon: GAT
Seq: CTGATAA, Anticodon: GAT
Seq: CTGATAA, Anticodon: GAT
Seq: CTTCAAA, Anticodon: TCA

답변3

Str 문자열의 반복을 구문 분석해야 한다고 가정합니다.

시작과 끝

패턴의 순서는 각 블록마다 바뀔 수 있으므로 8번째 패턴을 찾는 방법이 필요합니다.

반복되는 각 "패턴"을 추출할 수 있습니다(설명에서문자로 시작하고 같은 문자로 끝나는 모든 것) (GNU) grep을 사용하여 str에서:

$ str='>>>>>>>..>>>>.......<<<<.>>>>>.......<<<<<....>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.'

$ grep -Eo '(.)\1+' <<<"$str"
>>>>>>>
..
>>>>
.......
<<<<
>>>>>
.......
<<<<<
....
>>>>>
.......
<<<<<<<<<<<<

따라서 패턴의 시작과 길이 8(셸 사용)는 다음과 같습니다.

pattern=8
splitstr=( $(grep -Eo '(.)\1+' <<<"$str") )
for((i=1;i<=pattern-2;i++)); do
    start=$((start+${#splistr[i]}))
done
len=${splitstr[pattern-1]}

8회 이상 반복되는 모든 패턴에 적용됩니다.

또는 더 짧게 시작하고 끝냅니다.

start=$(echo "$str" | grep -Eo '^((.)\2+|.){7}'); start=${#start}
  end=$(echo "$str" | grep -Eo '^((.)\2+|.){8}');   end=${#end}

블록

RSAWK에서는 공백으로 설정하여 파일을 블록(빈 줄로 구분된 줄)으로 나누는 것이 가능하고 간단합니다 "".

필드

만약 각 블록 RS이 ""awk에 의해 자동으로 필드로 더 분할됩니다. 마지막 필드( $NFawk 용어로)는 반복되는 문자를 포함하는 str입니다.

그래서, awk에서 :

$ awk -vRS="" '{str=$NF; pat=8
cmd1="echo \"" str "\" | grep -Eo '\''^((.)\\2+|.){" pat-1 "}'\''";
cmd2="echo \"" str "\" | grep -Eo '\''^((.)\\2+|.){" pat   "}'\''";
cmd1 | getline start ; close(cmd1) ; start=length(start)
cmd2 | getline end   ; close(cmd2) ;   end=length(end)
print "Start:",start,"End:",end,"Sequence:",substr($(NF-2),start,end-start),"Anticodon:",$9,"Type:",$7
}' biopattern.txt


Start: 30 End: 37 Sequence: CCTCCCA Anticodon: CCC Type: Gly
Start: 31 End: 38 Sequence: CCTCACA Anticodon: CAC Type: Val
Start: 31 End: 38 Sequence: ACTGAAG Anticodon: GAA Type: Phe
Start: 30 End: 37 Sequence: CCTGCCA Anticodon: GCC Type: Gly
Start: 31 End: 38 Sequence: CTTTACA Anticodon: TAC Type: Val
Start: 32 End: 39 Sequence: GCTGATA Anticodon: GAT Type: Ile
Start: 32 End: 39 Sequence: GCTGATA Anticodon: GAT Type: Ile
Start: 32 End: 39 Sequence: GCTGATA Anticodon: GAT Type: Ile
Start: 33 End: 40 Sequence: GCTTCAA Anticodon: TCA Type: SeC

이후의 숫자를 기반으로 한 다른 답변의 결과와 동일하지 않습니다 at.

아마: 이게 당신이 말한 뜻인가요?

답변4

perl단락 모드에서 작동 -00하며 모든 단락을 하나씩 반복합니다 -n. 먼저 현재 para(일명 )에서 해당 속성을 확인하여 유형, 안티코돈, 시퀀스 및 str 변수를 채웁니다 $_.

$ perl -n00e '
   my($type, $anticodon, $seq, $str) = 
      / (?= .*\nType:      \h+ (\S+)  )
        (?= .*\hAnticodon: \h+ (\S+)  )
        (?= .*\nSeq:       \h+ (\S+)$ )
        (?= .*\nStr:       \h+ (\S+)$ )
      /xms;
   $str =~ /^((.)\2*){7}((.)\4*)/g;
   my($pos_codon, $len_codon) = (pos($str), length($3));
   my $codon = substr($seq, $pos_codon-$len_codon, $len_codon);
   print "Codon:[$codon] Anticodon:[$anticodon] Type:[$type]\n";
' file

결과:

Codon:[CTCACAC] Anticodon:[CAC] Type:[Val]
Codon:[CTGAAGA] Anticodon:[GAA] Type:[Phe]
Codon:[CTGCCAC] Anticodon:[GCC] Type:[Gly]
Codon:[TTTACAC] Anticodon:[TAC] Type:[Val]
Codon:[CTGATAA] Anticodon:[GAT] Type:[Ile]
Codon:[CTGATAA] Anticodon:[GAT] Type:[Ile]
Codon:[CTGATAA] Anticodon:[GAT] Type:[Ile]
Codon:[CTTCAAA] Anticodon:[TCA] Type:[SeC]

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