여러 열이 포함된 유전 변이 데이터가 있습니다. 현재 내 변이/계통의 순서가 잘못되어 염색체별로 정렬해야 합니다. 비슷한 질문에 대한 답변을 사용하여 이를 수행하는 몇 가지 방법을 시도했지만 아무것도 작동하지 않아 대부분 빈 파일이 제공됩니다.
현재 내 염색체 순서는 다음과 같습니다.
1
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
2
20
21
22
3
4
5
6
7
8
9
이 줄은 1에서 22까지 오름차순으로 정렬되어야 합니다.
난 노력 했어:
sort -k 1,1 -k2,2n file.avinput > test.avinput
sortBed -i file.avinput > test.avinput
sort -k1,1V -k2,2g file.avinput > test.avinput
bedtools sort -g file.bed> test.avinput #gives *ERROR: Need -i BED file.
이것이 실행되지만 시도하면 아무 것도 나오지 않거나 주문을 head test.avinput확인할 때 여전히 잘못된 것입니다. 이것을 변경하려면 또 무엇을 시도해야 합니까?awk '{print $1}' test.avinput | sort -u
몇 줄이 어떻게 보이는지에 대한 예는 다음과 같습니다.
File.avinput: #3 열은 염색체, 시작 및 끝입니다. 헤더가 없습니다.
1 10 11
10 200 201
2 20 21
22 2000 2001
예상되는 주문 출력
1 10 11
2 20 21
10 200 201
22 2000 2001
현재 어떤 형태로든 사용하려고 하면 sort -n빈 파일이 제공됩니다.
답변1
변경된 작업에 따라 업데이트되었습니다.
file1데이터가 생성된 파일 :
$ cat file1
1 10 11
10 200 201
2 20 21
22 2000 2001
이제 파일 라인을 정렬하고 결과를 다음에 씁니다 file2.
$ cat file1|sort -n > file2
아니면 단순화할 수도 있습니다:
$ sort -n file1 > file2
결과 확인 file2:
$ cat file2
1 10 11
2 20 21
10 200 201
22 2000 2001