for 루프를 사용하여 다양한 파일에서 .extension 앞의 임의 문자 4개를 제거하는 방법은 무엇입니까?

Question 1

다음과 같이 시도해 보십시오.

for forward_read_file in *_1*.fastq; do
   srr=$(echo "$forward_read_file" | cut -d_ -f1)
   rrf_array=( $(find . -name "${srr}_2_*.fastq") )

   case "${#rrf_array[@]}" in
     0) echo "Warning: No reverse read file found for $forward_read_file" > /dev/stderr ;;

     1) reverse_read_file="${rrf_array[1]}"
        perl /home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/AmbiguityFiltering.pl -i "$forward_read_file" -irev "$reverse_read_file" -c 1 -t5 -t3
        ;;

     *) echo "Error: multiple reverse read files found for $forward_read_file" > /dev/stderr ;;
   esac

done

이는 모든 파일을 반복합니다 _1. cutSRR 샘플 ID를 추출한 다음 이를 명령과 함께 사용하여 일치 find하는 파일을 찾습니다 _2. find얼마나 많은 결과가 반환될지 모르기 때문에 의 출력은 배열에 저장됩니다.

일치 항목 없음(좋지 않음), 정확히 1개 일치(좋음, 이것이 우리가 원하는 것), 1개 이상 일치(다시 말하지만 좋지 않음)의 세 가지 가능한 결과를 처리합니다.

결과가 하나만 있는 경우 배열에서 일치하는 파일을 추출하고 Perl 스크립트로 처리합니다.

결과가 0개 이상인 경우 stderr에 경고 메시지를 인쇄하고 다음 _1파일 이름으로 계속 진행합니다. 원하는 경우 이러한 경우 ; exit 1앞에 추가(또는 오류를 처리하기 위한 다른 코드) 할 수 있습니다 .;;

이는 시작 부분의 SRR 샘플 ID와 정방향 또는 역방향 페어링 파일로 식별하는 _1또는를 제외한 파일 이름의 모든 부분을 무시합니다._2

if; then; else그런데 이 작업은 명령문 대신 에 수행할 수 있었지만 case0개 및 2개 이상의 사례를 다르게 처리하는 것이 유용하다고 생각했습니다. 예를 들어

if [ "${#rrf_array[@]}" == 1 ]; 
  reverse_read_file="${rrf_array[1]}"
  perl /home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/AmbiguityFiltering.pl -i "$forward_read_file" -irev "$reverse_read_file" -c 1 -t5 -t3
else
  echo "Warning: unknown problem with reverse read file for $forward_read_file" > /dev/stderr
fi

"문제" 파일을 무시하고 싶다면 else블록을 삭제하세요.

그런데, 스크립트를 더 읽기 쉽게 만들려면 스크립트 상단 근처에서 다음과 같은 작업을 수행하는 것이 좋습니다.

AFilter='/home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/AmbiguityFiltering.pl'

그리고 나중에:

perl "$AFilter" -i "$forward_read_file" -irev "$reverse_read_file" -c 1 -t5 -t3

또는 Perl 스크립트가 실행 가능한 경우(예: #!/usr/bin/perl또는 유사한 shebang 줄을 사용하고 실행 가능 플래그가 로 설정된 경우 ) $PATH에 chmod +x추가하면 됩니다 ./home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/

PATH="$PATH:/home/gomeza/shared/sharm646-2021-02-24-09_22/Softwares/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming"

다음과 같이 스크립트를 실행합니다.

AmbiguityFiltering.pl -i "$forward_read_file" -irev "$reverse_read_file" -c 1 -t5 -t3

Answer