다음과 같은 파일(80,000줄 이상)이 있습니다.
chr1 GTF2GFF chromosome 1 249213345 . . . ID=chr1;Name=chr1
chr1 GTF2GFF gene 11874 14408 . + . ID=DDX11L1;Note=unknown;Name=DDX11L1
chr1 GTF2GFF exon 11874 12227 . + . Parent=NR_046018_1
chr1 GTF2GFF exon 12613 12721 . + . Parent=NR_046018_1
chr1 GTF2GFF exon 13221 14408 . + . Parent=NR_046018_1
chr1 GTF2GFF gene 14362 29370 . - . ID=WASH7P;Note=unknown;Name=WASH7P
chr1 GTF2GFF exon 14362 14829 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 14970 15038 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 15796 15947 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 16607 16765 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 16858 17055 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 17233 17368 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 17606 17742 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 17915 18061 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 18268 18366 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 24738 24891 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 29321 29370 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF gene 34611 36081 . - . ID=FAM138A;Note=unknown;Name=FAM138A
chr1 GTF2GFF exon 34611 35174 . - . Parent=NR_026818
chr1 GTF2GFF exon 35277 35481 . - . Parent=NR_026818
그리고 3번째 필드에서 "gene"이 포함된 행만 추출하고 9번째 필드에는 ID 값만 포함되도록 재배열하고 싶습니다(예: DDX11L1). 원하는 출력은 다음과 같습니다.
chr1 11874 14408 DDX11L1 . +
chr1 14362 29370 WASH7P . -
chr1 34611 36081 FAM138A . -
awk를 사용하여 원하는 필드를 쉽게 얻었습니다.
head -20 genes.gff3 | awk '$3=="gene" {print $1 "\t" $4 "\t" $5 "\t" $9"\t" $6 "\t" $7}'
chr1 11874 14408 ID=DDX11L1;Note=unknown;Name=DDX11L1 . +
chr1 14362 29370 ID=WASH7P;Note=unknown;Name=WASH7P . -
chr1 34611 36081 ID=FAM138A;Note=unknown;Name=FAM138A . -
하지만 ID 값을 얻는 데 어려움을 겪고 있습니다. 나는 그것을 sed에 연결해 보았습니다.
head -20 genes.gff3 | awk '$3=="gene" {print $1 "\t" $4 "\t" $5 "\t" $9"\t" $6 "\t" $7}' | sed 's/\(^.+\t\)ID=\(\w+\).+\(\t.+$\)/\1\2\3/g'
그리고 gsub도 마찬가지야
head -20 genes.gff3 | awk '$3=="gene" {gsub(/\(^.+\t\)ID=\(\w+\).+\(\t.+$\)/, "\1\2\3", $9); print $1 "\t" $4 "\t" $5 "\t" $9"\t" $6 "\t" $7}'
하지만 결과는 awk만 사용한 것과 같습니다. ID 값을 어떻게 추출하나요? 나는 여기서 해결책에 정말로 가깝다고 느낍니다.
건배.
답변1
함수 의 필드 구분 기호 split는 정규식이므로 =OR 로 분할할 수 있습니다 ;. 당신이 그것을 알고 있다면$9 시작하다"ID="를 사용하면
awk -v OFS='\t' '
$3 == "gene" {
split($9, id, /[=;]/)
print $1, $4, $5, id[2], $6, $7
}
' genes.gff3
"ID="가 반드시 필드 시작 부분에 있지 않은 경우 수행할 작업이 조금 더 있습니다.
awk -v OFS='\t' '
$3 == "gene" {
id = ""
len = split($9, f, /[=;]/)
for (i=1; i<len; i++) {
if (f[i] == "ID") {
id = f[i+1]
break
}
}
print $1, $4, $5, id, $6, $7
}
' genes.gff3
답변2
split($9, a, ";")
print substr(a[1], 4)
Awk 인덱스는 에서 시작합니다 1.
또 다른 옵션은 입력 필드 구분 기호( FS)를 수정하는 것입니다.
FS기본적으로 공백 " "입니다. 이는 다음과 같은 특수 효과도 있습니다.선행 및 후행 공백 무시.
print $1, \t, ...또한 또는 변형을 사용하는 대신 탭으로 printf설정할 수도 있습니다 .OFS
예:
FS 수정:
awk -F" +|;|=" '
$3 == "gene" {
printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t\n",
$1, $4, $5, $10, $6, $7);
}
' data.file
분할 사용:
awk '
$3 == "gene" {
split($9, a, ";")
printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t\n",
$1, $4, $5, substr(a[1], 3), $6, $7);
}
' data.file
OFS 및 FS:
출력 필드 구분자( OFS)는 탭으로, FSawk 내부에서는 대체 가능합니다. 또한 FS탭을 포함하도록 업데이트되었습니다.
awk '
BEGIN {
FS="[ \t]+|;|="
OFS="\t"
}
$3 == "gene" {
print $1, $4, $5, $10, $6, $7
}
' data.file
또한 참조하십시오오픈 그룹 변수 및 특수 변수,예.
고크 매뉴얼– 일반적으로 상황이 awk에 대한 gawk 확장인 경우에 나타납니다.
답변3
awk이는 및 사용을 요청하는 명시적인 요청에도 불구하고 게시할 수 있는 Bash 솔루션입니다 sed.
show_genes()
{
local filename="$1"
while read -ra larr; do
if [[ ${larr[2]} = gene ]]; then
larr[8]="${larr[8]%%;*}"
larr[8]="${larr[8]#ID=}"
printf '%s\n' "${larr[*]}"
fi
done < "$filename"
}
용법:show_genes /path/to/some/file.txt
샘플 출력:
[rany$] cat data.txt
romosome 1 249213345 . . . ID=chr1;Name=chr1
chr1 GTF2GFF gene 11874 14408 . + . ID=DDX11L1;Note=unknown;Name=DDX11L1
chr1 GTF2GFF exon 11874 12227 . + . Parent=NR_046018_1
chr1 GTF2GFF exon 12613 12721 . + . Parent=NR_046018_1
chr1 GTF2GFF exon 13221 14408 . + . Parent=NR_046018_1
chr1 GTF2GFF gene 14362 29370 . - . ID=WASH7P;Note=unknown;Name=WASH7P
chr1 GTF2GFF exon 14362 14829 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 14970 15038 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 15796 15947 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 16607 16765 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 16858 17055 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 17233 17368 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 17606 17742 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 17915 18061 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 18268 18366 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 24738 24891 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF exon 29321 29370 . - . Parent=NR_024540
chr1 GTF2GFF gene 34611 36081 . - . ID=FAM138A;Note=unknown;Name=FAM138A
chr1 GTF2GFF exon 34611 35174 . - . Parent=NR_026818
chr1 GTF2GFF exon 35277 35481 . - . Parent=NR_026818
[rany$] show_genes data.txt
chr1 GTF2GFF gene 11874 14408 . + . DDX11L1
chr1 GTF2GFF gene 14362 29370 . - . WASH7P
chr1 GTF2GFF gene 34611 36081 . - . FAM138A
[rany$]
답변4
잠시 커피를 마시면서 대답하세요
perl -ne 's/\t.*?\tgene// #remove \t F2 \t gene
and s/\S*\tID=(.*?);.*/$1/ #remove \t Fn \t ID=.... keeping the id
and print' file