Bedtools를 사용하여 여러 번 침대로 변환

Question

10개의 .bam 파일(생물정보학 형식)이 있고 이를 10개의 .bed 파일로 변환하고 싶지만 이 변환을 위해서는 특수 명령을 사용해야 합니다.

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

귀하의 질문은 명확하지 않지만 이 쉘 명령이 도움이 될 수 있습니다.

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

다음과 같이 할 수 있습니다:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam