☰

일치 항목과 불일치 항목을 그룹별로 계산합니다.

tag-icon • tag-icon bash shell-script sed awk perl
일치 항목과 불일치 항목을 그룹별로 계산합니다.

다음의 쉘 스크립트를 도와주세요. 샘플(col2) 전체의 각 레인(col1)에 일관된 변수의 개수가 필요합니다. 예를 들어, 모든 샘플에 걸쳐 레인1 변수 1의 모든 값(col4)이 샘플이므로, 변수1은 일관성 변수에 포함됩니다. 마찬가지로 레인 2 변수 2와 3은 모두 일치하지 않습니다.

lane1  sample1 variable1 ab
lane1  sample2 variable1 ab
lane1  sample3 variable1 ab   


lane1  sample1 variable2 cd
lane1  sample2 variable2 cd
lane1  sample3 variable2 cd

lane1  sample1 variable3 gh
lane1  sample2 variable3 ab
lane1  sample3 variable3 gh

lane2  sample1 variable1 ac
lane2  sample2 variable1 ac
lane2  sample3 variable1 ac


lane2  sample1 variable2 gt
lane2  sample2 variable2 gt
lane2  sample3 variable2 ac

lane2  sample1 variable3 ga
lane2  sample2 variable3 ga
lane2  sample3 variable3 ac

산출

세 가지 표본 전체에 걸쳐 일관성 있는 변수와 일관성 없는 변수의 수

      #Consistent #Inconsistent
lane1  2             1
lane2  1             2

답변1

펄 솔루션:

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use feature qw{ say };

my %values;
while (<>) {
    next if /^$/; # Skip empty lines
    my ($lane, $sample, $var, $val) = split;
    die "Duplicate $lane $sample $var\n" if $values{$lane}{$var}{$val}{$sample};
    $values{$lane}{$var}{$val}{$sample} = 1;
}

my %results;
for my $lane (keys %values) {
    for my $var (keys %{ $values{$lane} }) {
        my $count = keys %{ $values{$lane}{$var} };
        if (1 == $count) {
            ++$results{$lane}{consistent};
        } else {
            ++$results{$lane}{inconsistent};
        }
    }
    say join "\t", $lane, @{ $results{$lane} }{qw{ consistent inconsistent }};
}

관련 정보