☰

bash 스크립트 - "Rscript: 명령을 찾을 수 없음" 오류

tag-icon • tag-icon linux bash shell-script shell r
bash 스크립트 - "Rscript: 명령을 찾을 수 없음" 오류

다음 bash 스크립트를 Linux에서 실행하려고 하는데 line 31: Rscript: command not found. 내가 틀린 부분이 있다면 조언을 해주실 수 있나요?

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N garunsmodel
#PBS -l mem=10g
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -A improvingherds
#PBS -m ae


nodeDir=`mktemp -d /tmp/phuong.XXXXX`

cp -r /group/dairy/phuongho/garuns $nodeDir

cd $nodeDir

cd garuns
module load gcc vle // this is to load vle platform
rm -rf out
mkdir out

#In garuns.vpz. The output file path has to be changed.
#to an absolute path that's available on the node the script is running.

XXX=`pwd`
sed -i "s|/group/dairy/phuongho/garuns/out|$XXX/out/|" exp/garuns.vpz
Rscript  R/repetability.R

DATE=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
mkdir "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

cp -r out  "/group/dairy/phuongho/job.$DATE"

R을 실행 하기 위해 수동으로 액세스하려고 시도했을 때 tmp/phuong.XXXXX/garuns제대로 작동했습니다.

답변1

R이 이미 설치되어 있는 경우 변수 PATH가 잘못된 RScript? 확인해보세요which RScript

이 경우에는 export PATH=/path/to/alternate/r/bin:$PATH 참조할 때 절대 경로를 제공하여 무차별 대입을 시도해 보세요 RScript. 예: ~/R-3.2.5_patched/bin/RScript/R/repetability.R

답변2

R을 설치해야 합니다.

예를 들어 Ubuntu의 경우:

sudo apt-get install r-base-core

그러면 Rscript명령줄에서 명령이 인식됩니다.

나는 이것을 했고 효과가 있었지만 수백 개의 종속성이 설치되어 설치가 상당히 방대하다는 점에 유의하십시오. 설치하는 데 몇 분이 걸렸습니다.

답변3

이는 SLURM과 같은 것을 통해 컴퓨팅 클러스터에 제출되는 스크립트처럼 보입니다. 시스템 관리자에게 R이 클러스터에 설치되어 있는지, 그리고 설치되어 있다면 스크립트에서 R에 대한 액세스를 활성화하는 방법을 문의해야 합니다.

액세스할 수 있는 클러스터에서 일부 소프트웨어는 module load somesoftware/version소프트웨어 실행에 필요한 환경 변수를 업데이트/설정하는 명령을 사용하여 로드해야 합니다.

답변4

동일한 오류 메시지가 표시되었지만 이유는 다릅니다. 나처럼 사람들이 여기에 도착할 것이기 때문에 여기에 게시하십시오.

#!/bin/bash첫 번째 줄이 아닌 (문제가 아님) 인지 확인하십시오. 그렇지 않으면 #!/bin/sh다음과 같은 일부 명령이 module load <>실행되지 않습니다.

관련 정보