두 파일을 비교하고 일치시켜 하나의 파일로 인쇄하고 싶습니다.

Question

file1과 file2라는 두 개의 파일이 있습니다.

파일1:

r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9
r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7
r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5
r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9

파일2:

sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9
ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5
sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4
sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5
sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7

file1의 " abc , bcd, acd 및 xyz"를 file2와 일치시키고 싶습니다. file2와 일치할 때마다 다음과 같이 인쇄하고 싶습니다.

산출:

r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9     ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5
r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7     sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9
r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5     sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5
r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9     sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4
sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7

Perl이나 sed를 사용할 수 있습니다. 누군가 나에게 작업에 대한 아이디어를 줄 수 있습니까?

Answer 1

일반 배열을 사용하고 싶다면 bash--

#read in the data from 2 files
unset arr1; declare -A arr1; 
while read -r -u3 line; do \
    i=${line%_*}; \
    i=${i#*_}; \
    arr1[$i]+=" $line"; \
done 3< <(cat f1 f2); \
exec 3<&-
#output array by iterating throug the keys
for k in "${!arr1[@]}"; do \
     echo ${arr1[$k]}; \
done | sort

출력 --

r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9 ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5
r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5 sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5
r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7 sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9
r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9 sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4
sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7

Answer 2

join, sort및 사용 sed:

join -j 2 -t_ -a 1 -a 2  -o 1.1,1.2,1.3,1.9999,2.1,2.2,2.3 \
     <(sort -t_ -k2 file1) <(sort -t_ -k2 file2) | \
     sed 's/__/  /g;s/^ *//g' | sort

1. sort 파일1&파일2bash의 *프로세스 대체를 사용 하면...
2. _필드 구분 기호로 필드 #2의 공통 인스턴스에서 두 개의 정렬된 파일을 사용 join하고 두 파일 중 일치하지 않는 행을 하나씩 인쇄합니다. 존재하지 않는 필드는 3단계를 단순화하기 위해 1.9999조인된 각 쌍을 추가 항목으로 분리합니다 ._
3. .sed​
4. sort결과.

산출:

r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9  ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5
r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5  sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5
r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7  sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9
r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9  sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4
sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7