Quero limpar meu computador e reinstalar o Ubuntu desde o início. Tenho backup dos meus arquivos no Google Drive e, embora não tenha um pendrive ou DVD, tenho um WD Passport. Não me importo de perder os arquivos do Passport, mas ainda quero que ele tenha a estrutura básica de um WD Passport em vez de apenas um disco externo genérico, se isso faz algum sentido. Não tenho certeza se o uso do criador de disco de inicialização do Ubuntu atual danificará o Passport de alguma forma. Eu apreciaria qualquer conselho ou apenas uma garantia de que, ao usar o criador do disco de inicialização, o Passport permanecerá basicamente inalterado.
Estou operando no Ubuntu 16.04, sem partição, não tenho certeza se alguma outra especificação é relevante para esta questão. Quando conecto o passaporte, ele funciona perfeitamente, pelo que sei.
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Para responder à sua pergunta: Sim, você perderá todos os seus dados, a mídia de instalação precisa ser formatada!
Normalmente, uma unidade flash USB é usada para instalar o sistema operacional.
No seu caso, se os dados desse WD Passport não forem importantes para você, você poderá usá-los como uma "mídia de instalação".
Limpar os dados NÃO danificará a unidade. Depois de terminar a instalação, você poderá reformatar seu WD Passport e usá-lo como antes.