Observe como quando uso a versão lançada com o arquivo .desktop o sublime aproveita a barra superior do Unity. Gostaria que fizesse o mesmo com as instâncias iniciadas pelo terminal
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Se você cat ou editar o arquivo Sublime Text encontrado no diretório /usr/share/applications(o nome pode ser sublime-text-3.desktop), você encontrará o comando que abre o Sublime Text quando você clica no ícone do menu. Tente isso no terminal Tommaso.