Tentei permitir que o Skype aparecesse na bandeja do sistema executando:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'scp-dbus-service', 'Update-notifier', 'Skype']"
Eu também tentei fazer:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Ambas as vezes reiniciei o Skype depois. Alguma ideia?
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Eu tive esse problema no meu laptop e minha solução foi simplesmente reinstalar o Skype (i386) do Ubuntu Software Center.
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O Skype agora tem um indicador de aplicativo no Ubuntu 11.10, então você não precisa colocá-lo na lista de permissões. Talvez remover o Skype da lista de permissões da bandeja do sistema faça com que o indicador seja acionado?
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Isso se resolveu para mim sem motivo óbvio.