O ícone do LibreOffice parece OK no menu ou nos inicializadores, mas na decoração da janela e no dock ele se transforma em um grande X com um círculo ao redor.
A propósito, estou usando o Kubuntu 11.10, com o PPA de backports 4.8.
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bcooksley está contando no Fórum do KDE:http://forum.kde.org/viewtopic.php?f=22&t=11834
Isso ocorre porque o próprio aplicativo precisa definir seu ícone. Se o aplicativo não definir um (acredito que seja um XImage), o KDE fornecerá seu logotipo X padrão. O KDE não recupera este ícone do menu, mas do X, que não possui um ícone definido se o aplicativo não definir um.
Solução: entre em contato com os desenvolvedores dos aplicativos em questão ou edite você mesmo o código-fonte deles e compile-o.