Estou procurando um bom software que possa destacar e anotar arquivos PDF e DjVu no Ubuntu.
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Okular pode ser usado para visualizar, destacar e anotar (com notas adesivas) arquivos PDF e djvu. Após abrir o documento no Okular, pressione F6 (ou tecla Fn + F6). Os controles para destacar e anotar aparecerão (junto com mais algumas ferramentas).
Um pequeno problema: por padrão, essas anotações são armazenadas fora do documento. Portanto, se você enviar o documento para alguém, ele/ela não conseguirá ver as anotações/destaques. Mas existem maneiras de contornar esse problema (conforme descrito no página de ajuda oficial do Okular)
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TentarJornal:
Xournal é um aplicativo GTK+ para fazer anotações, esboçar e manter um diário usando uma caneta. Também pode ser usado para adicionar anotações a arquivos PDF.
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Experimente o PDF-Xchange Editor eZathura. Ele permite abrir vários arquivos em abas e funciona como um bom visualizador. Ele armazena anotações/comentários dentro do arquivo.
Para instalar no Ubuntu sigaestas instruções